更改默认 plot.gam 图表的 Y 轴

Question

我使用 mgcv 包在 R 中运行了 GAM，格式如下：

shark.gamFINAL <- gam(ln.raw.CPUE...0.1 ~ Year + Month + 
                      s(Mean.Temp, bs = "cr") + s(Mean.Chl.a, bs = "cr") + 
                      s(Mean.Front.density, bs = "cr"), data=r, family=gaussian)

运行此模型并计算每个变量解释的偏差百分比后，我想绘制每个变量对响应的影响

但是，当我在 R 中使用 plot.gam 函数时，我的图表的 y 轴为 "s(predictor variable, edf)"

我不确定这个 y 轴的刻度代表什么？

有没有一种方法可以将 y 轴范围更改为代表响应的范围，正如本文中所做的那样：Walsh 和 Kleiber (2001)，“蓝鲨的广义加性模型和回归树分析 (Prionace glauca) 夏威夷商业延绳钓渔业的捕捞率，见图 3。

我会发布一些我正在描述的情节的例子，但由于这是我的第一篇文章，我没有至少 10 名声望，所以它不会让我这样做！

我已经搜索了许多网站和论坛以尝试找到答案，但无济于事，因此非常感谢任何帮助！

Answer 1

轴是居中平滑所取的值。它是对该平滑函数的拟合值的贡献（在协变量的值上）。

更改 y 轴标签很容易 - 将您想要的标签提供给 ylab 参数。这当然意味着，如果您想为每个图单独绘制 y 轴标签，则必须分别绘制每个平滑图。在这种情况下，还可以使用select 参数来绘制特定的平滑函数，例如：

layout(matrix(1:4, ncol = 2, byrow = TRUE)
plot(shark.gamFINAL, select = 1, ylab = "foo")
plot(shark.gamFINAL, select = 2, ylab = "bar")
plot(shark.gamFINAL, select = 3, ylab = "foobar")
layout(1)

我知道更改 y 轴比例的唯一方法是手动绘制绘图。这些图没有模型常数项以及其他参数项的贡献。如果您的模型只有一个截距和一个平滑，您可以在该协变量的范围内生成新数据，然后从模型中为这些新数据值生成predict，但使用type = "terms" 来获得平滑的贡献。然后绘制从predict 返回的值加上predict 返回的"constant" 属性 的值。

在您的情况下，您需要在预测时控制其他变量。一种方法是将所有其他协变量设置为其平均值或典型值，但允许感兴趣的协变量在其范围内变化，如前所述。然后，将predict(shark.gamFINAL, newdata = NEW, type = "terms") 返回的矩阵的每一行中的值相加（其中NEW 是要预测的新数据框，改变一个协变量，但将其余的保持在某个典型值），再次添加常数。您必须依次为每个协变量重做此操作（即每个图一次），因为您需要将其他协变量保持在典型值。

所有这些只是改变轴上的比例 - 模型中的任何平滑都不会与模型中的其他平滑或项交互，因此可能更容易将 y 轴视为对响应的影响每个平滑？