R - 尝试绘制逻辑曲线，默认图并使用'曲线（预测'不会添加逻辑回归线

Question

我正在尝试为我的数据集中的两个变量绘制逻辑回归。相关变量的结构 -

str(df2)

 $ Threatened     : Factor w/ 2 levels "0","1": 1 2 1 1 1 1 2 1 2 2 ...
 $ tl_mmlog       : num  3.48 3.54 3.57 3.28 3.54 ...

当我尝试使用默认绘图功能绘制逻辑曲线时，没有绘制曲线。散点图以正确的方式创建。但是当我运行“曲线（预测”线）时，逻辑回归线没有被添加。没有生成错误消息，只是没有出现线。这段代码在一个较小的数据集上工作，我不确定这是否是我的数据集的问题？有人知道为什么没有画线吗？

逻辑回归代码 -

attach(df2)

plot(x=tl_mmlog, y=Threatened)

fit2<-glm(Threatened~tl_mmlog, family=binomial)

curve(predict(fit2, data.frame(tl_mmlog=x), type="resp"), add=TRUE)

Answer 1

这里有一些与您的数据相似的数据。我从 R 中包含的名为 iris 的数据集创建了它，并使用 dput 创建了一种易于导入 R 的格式：

df2 <- structure(list(Sepal.Length = c(5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5, 5.4, 4.6, 
5, 4.4, 4.9, 5.4, 4.8, 4.8, 4.3, 5.8, 6.3, 5.8, 7.1, 6.3, 6.5, 
7.6, 4.9, 7.3, 6.7, 7.2, 6.5, 6.4, 6.8, 5.7, 5.8), Species = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("0", 
"1"), class = "factor")), row.names = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 
7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 101L, 102L, 103L, 104L, 
105L, 106L, 107L, 108L, 109L, 110L, 111L, 112L, 113L, 114L, 115L
), class = "data.frame")
str(df2)
# 'data.frame': 30 obs. of  2 variables:
#  $ Sepal.Length: num  5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
#  $ Species     : Factor w/ 2 levels "0","1": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

现在计算分析并绘制图：

fit2 <- glm(Species~Sepal.Length, df2, family=binomial)
with(df2, plot(Sepal.Length, Species))

请注意，y 轴的范围是 1 到 2，因为这是数值因子值（而不是字符因子级别）的值。但是predict 函数将使用 0 到 1 的范围，因此它不会出现在您的图表上，除非您在绘图前为每个值添加 1。最好将因子转换为数值，使第一个值为 0，第二个值为 1：

df2$Species <- as.numeric(as.character(df2$Species))
fit2 <- glm(Species~Sepal.Length, df2, family=binomial)
with(df2, plot(Sepal.Length, Species))

现在绘图范围从 0 到 1。接下来我们添加曲线，但我们必须包括曲线的值范围：

minmax <- range(df2$Sepal.Length)
curve(predict(fit2, data.frame(Sepal.Length=x), type="resp"), minmax[1], minmax[2], add=TRUE)