操作 scale_fill_gradient2 的图例答案

【问题标题】：Manipulating the legend of scale_fill_gradient2操作 scale_fill_gradient2 的图例
【发布时间】：2017-10-11 22:47:32
【问题描述】：

我有来自统计测试的数据（基因集富集分析，但这并不重要），因此我获得了正态分布的统计数据的 p 值，即正值和负值：

测试在几个类别上运行：

set.seed(1)
df <- data.frame(col = rep(1,7), 
                 category = LETTERS[1:7], 
                 stat.sign = sign(rnorm(7)), 
                 p.value = runif(7, 0, 1), 
                 stringsAsFactors = TRUE)

我想在geom_tileggplot 中显示这些数据，以便我将df$category 的颜色编码为df$p.value 乘以df$stat.sign（即统计的符号）

为此，我首先使用df$p.value 的log10：

df$sig <- df$stat.sign*(-1*log10(df$p.value))

然后我order df by df$sig 为df$sig: 的每个标志

library(dplyr)
df <- rbind(dplyr::filter(df, sig < 0)[order(dplyr::filter(df, sig < 0)$sig), ],
            dplyr::filter(df, sig > 0)[order(dplyr::filter(df, sig > 0)$sig), ])

然后我ggplot它：

library(ggplot2)
df$category <- factor(df$category, levels=df$category)

ggplot(data = df,
       aes(x = col, y = category)) + 
  geom_tile(aes(fill=sig)) + 
  scale_fill_gradient2(low='darkblue', mid='white', high='darkred') + 
  theme_minimal() + 
  xlab("") + ylab("") + labs(fill="-log10(P-Value)") +
  theme(axis.text.y = element_text(size=12, face="bold"), 
        axis.text.x = element_blank())

这给了我：

有没有办法操纵legend 使得df$sig 的值由它们的绝对值表示，但其他一切都保持不变？这样我仍然可以获得红色和蓝色阴影并保持我想要的顺序。

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 gradient

【解决方案1】：

如果您查看 ggplot 的文档，scale_fill_gradient2 与其他连续刻度一样，接受以下之一作为其 labels 参数：

NULL 无标签
waiver() 为转换对象计算的默认标签
一个给出标签的字符向量（必须与breaks的长度相同）
将中断作为输入并返回标签作为输出的函数

由于您只希望图例值是绝对值，我假设您对图例颜色栏中的默认中断（-0.1 到 0.4，增量为 0.1）感到满意，因此您真正需要的是添加一个函数操纵标签。

即而不是这个：

scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', mid = 'white', high = 'darkred') +

使用这个：

scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', mid = 'white', high = 'darkred',
                     labels = abs) +

【讨论】：

【解决方案2】：

我不确定我是否理解您要查找的内容。您的意思是您不想更改图例中的标签？如果您想更改由scale_fill_gradient2() 提供的breaks 和labels 的标签，应该这样做。

ggplot(data=df,aes(x=col,y=category)) +
  geom_tile(aes(fill=sig)) +
  scale_fill_gradient2(low='darkblue',mid='white',high='darkred',
                       breaks = order(unique(df$sig)),
                       labels = abs(order(unique(df$sig)))) +
  theme_minimal()+xlab("")+ylab("")+labs(fill="-log10(P-Value)") +
  theme(axis.text.y=element_text(size=12,face="bold"),axis.text.x=element_blank())

对于您要查找的内容，也许您可以在图中显示文本以显示值，尝试像这样堆叠stat_bin_2d()：

ggplot(data=df,aes(x=col,y=category)) +
      geom_tile(aes(fill=sig)) +
      scale_fill_gradient2(low='darkblue',mid='white',high='darkred',
                           breaks = order(unique(df$sig)),
                           labels = abs(order(unique(df$sig)))) +
      theme_minimal()+xlab("")+ylab("")+labs(fill="-log10(P-Value)") +
      stat_bin_2d(geom = 'text', aes(label = sig), colour = 'black', size = 16) +
      theme(axis.text.y=element_text(size=12,face="bold"),axis.text.x=element_blank())

您可能想尝试一下 size 和 colour 参数。

【讨论】：