R中lme和lme4的区别？和STATA也有区别？答案

【问题标题】：Difference in lme and lme4 in R? Difference from STATA too?R中lme和lme4的区别？和STATA也有区别？
【发布时间】：2019-09-30 15:04:22
【问题描述】：

我正在做混合效果建模（使用两个时间点的数据），我想知道为什么 R 包之间以及程序之间存在差异。这是一个可重现的示例：

  USArrests$ID <- as.factor(matrix(1:50))
  USArrests <- USArrests[,-c(2,3,4)]
  USArrests$Murder2 <- USArrests$Murder + 5
  library(reshape)
  USArrests <- melt(USArrests, id.vars=c("ID"))[,-2]
  USArrests$time <- c(matrix(rep(0,50)), matrix(50:99))
  m1 <- lme(value ~ time, data=USArrests, random = ~1|ID)
  print(summary(m1))
  m2 <- lmer(value ~ time +(1|ID), data = USArrests, REML=F)
  print(summary(m2))

然后我将它导入 Stata 并使用代码：

mixed value time || id:time

即使在 R 中，模型也略有不同，尽管与 STATA 相比，差异很大。为什么会存在这种差异？它在用于估计最大似然的算法中吗？

谢谢！

【问题讨论】：

stata 函数的输出是什么？什么是更容易比较的系数？（我没有安装 stata 但了解其中的区别会很好）。答案很可能在dokumentation。
我不了解Stata，但是lme和lmer的区别是估计方法造成的。 lme 模型使用 ML 估计，lmer 模型使用 REML 估计。更改 REML = T 会得到完全相同的输出。

标签： r model lme4 mixed

【解决方案1】：

当我问统计学家时，我相信这个问题的答案是由于Niek 的评论中描述的估计方法。

我不了解Stata，但是lme和lmer的区别是估计方法造成的。 lme 模型使用 ML 估计，lmer 模型使用 REML 估计。更改 REML = T 会得到完全相同的输出。

【讨论】：