tryCatch 函数中的 while 循环答案

【问题标题】：while loop inside tryCatch functiontryCatch 函数中的 while 循环
【发布时间】：2017-06-07 01:22:03
【问题描述】：

我正在对置换数据运行 GLMM，对于其中一些数据，我有一条收敛错误消息。由于这是我的空模型，我只需要重新采样这个特定的置换数据。因此，我尝试处理 R 的 tryCatch 函数，但我遇到了一些失败。我有 Perm 这是我的数据帧的置换数据集和 pglmm 这是置换数据的 glmm 模型。所以我有以下结构：

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<-summary(lme("My GLMM model"))
}

为了处理错误我尝试了这个结构

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<- tryCatch(summary(lme()),
error=function(err){
pglmm[[i]]<- summary(lme("My GLMM model on resample data"))
return(pglmm[[i]])
}
}

目前它正在工作，但即使对出现错误的数据重新采样，我也可能会遇到收敛问题，因此我需要添加一个 while 循环以重新采样，直到不再出现此收敛错误。但是我真的不知道在哪里添加这个 while 循环（在 error=function(err) 内还是应该在启动 for 循环时添加？）。

提前感谢您的帮助。

【问题讨论】：

标签： r while-loop try-catch

【解决方案1】：

大概是这样的

pglmm <- vector("list", length(Perm))
for (i in seq_along(pglmm)){
    while(is.null(pglmm[[i]])) {
        tryCatch(
            pglmm[[i]] <- summary(lme(...)), 
            error = function(e) {print(e); print("retrying...")}
        )
    }
}

pglmm 被初始化为与Perm 相同长度的列表，其中填充有NULL 值。遍历列表的每个元素，您可以重复数据重新采样和模型拟合（这是pglmm[[i]]<- ... 行），直到没有收敛错误。模型运行成功后，将其分配给pglmm 的第i 个条目，然后循环继续执行下一个索引，依此类推。

【讨论】：

【解决方案2】：

预分配和填充，成功时增加迭代器而不是迭代序列

pglmm <- vector("list", length(Perm))
i <- 1
while (i <= length(Perm)) {
    pglmm[[i]] = tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
    if (!is(pglmm[[i]], "error"))
        i <- i + 1
}

或避免使用管理内存的需要

pglmm <- replicate(length(Perm), {
    repeat {
        result <- tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
        if (!is(result, "error"))
            break
    }
    result
})

【讨论】：

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