将分子名称转换为 SMILES？答案

【问题标题】：Converting molecule name to SMILES?将分子名称转换为 SMILES？
【发布时间】：2019-02-28 16:23:26
【问题描述】：

我只是想知道，有没有办法将 IUPAC 或常见的分子名称转换为 SMILES？我想这样做，而不必使用在线系统手动转换每一个。任何意见将不胜感激！

作为背景，我目前正在使用 python 和 RDkit，所以我不确定 RDkit 是否可以做到这一点，我只是不知道。我当前的数据是 csv 格式。

谢谢！

【问题讨论】：

(Text Munging?)

标签： python cheminformatics

【解决方案1】：

RDKit 无法将名称转换为 SMILES。 Chemical Identifier Resolver 可以转换名称和其他标识符（如 CAS No），并且有一个 API，因此您可以使用脚本进行转换。

from urllib.request import urlopen
from urllib.parse import quote

def CIRconvert(ids):
    try:
        url = 'http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/' + quote(ids) + '/smiles'
        ans = urlopen(url).read().decode('utf8')
        return ans
    except:
        return 'Did not work'

identifiers  = ['3-Methylheptane', 'Aspirin', 'Diethylsulfate', 'Diethyl sulfate', '50-78-2', 'Adamant']

for ids in identifiers :
    print(ids, CIRconvert(ids))

输出

3-Methylheptane CCCCC(C)CC
Aspirin CC(=O)Oc1ccccc1C(O)=O
Diethylsulfate CCO[S](=O)(=O)OCC
Diethyl sulfate CCO[S](=O)(=O)OCC
50-78-2 CC(=O)Oc1ccccc1C(O)=O
Adamant Did not work

【讨论】：

由于某种原因，该网站自 2020 年底以来一直无法正常运行
@CodyAldaz 该网站似乎有一些问题，但大多数时候，当我点击Submit 时，它可以工作。但是 API 可以工作。
这主要对我有用，但我必须将空格转换为 URL 格式 (%20)，例如： current_id = str(ids.lower()).replace(' ', '% 20') url = 'cactus.nci.nih.gov/chemical/structure' + current_id + '/smiles'
@PaulG 感谢您指出空格。我已经编辑了代码。

【解决方案2】：

OPSIN (https://opsin.ch.cam.ac.uk/) 是 name2structure 转换的另一种解决方案。

可以通过安装cli使用，也可以通过https://github.com/gorgitko/molminer使用

（RDKit KNIME 节点也使用 OPSIN）

【讨论】：

【解决方案3】：

接受的答案使用Chemical Identifier Resolver，但由于某种原因，该网站对我来说似乎是错误的，API 似乎被搞砸了。

因此，将微笑转换为 IUPAC 名称的另一种方法是使用 PubChem python API，如果您的微笑在他们的数据库中，它就可以工作

例如

#!/usr/bin/env python

import sys    
import pubchempy as pcp

smiles = str(sys.argv[1])
print(smiles)
s= pcp.get_compounds(smiles,'smiles')
print(s[0].iupac_name)

【讨论】：

问题是关于将名字转换为微笑（而不是其他方式）。也可以使用此 API 来完成：smiles= pcp.get_compounds(ids,'name')[0].canonical_smiles
如果我们没有任何 id 而只有化合物的名称呢？

【解决方案4】：

可以使用pubchem的批量查询：

【讨论】：

【解决方案5】：

如果将第一行更改为：

从 urllib2 导入 url 打开

它应该适用于 python 2.7

【讨论】：