如何使用 python 命令行将多个文件（.nii 格式）作为输入文件传递？答案

【问题标题】：How to pass multiple files(.nii format) as input file using python command line?如何使用 python 命令行将多个文件（.nii 格式）作为输入文件传递？
【发布时间】：2021-07-15 19:56:26
【问题描述】：

我有一个包含 20 个 .nii 文件的文件夹。需要将其转换为 png，因此使用 python nii2png.py 相同。 nii2png.py 这是我要更改的文件。这里有 2 个文件供您参考：Here 这些是 2 个 .nii 文件。它的语法如下：

!python nii2png.py -i <input file> -o <output folder>

如何在循环或其他解决方案中传递这 20 个 .nii 文件？这是nii2png文件的开头：

import numpy, shutil, os, nibabel
import sys, getopt
import scipy.misc
import imageio
import argparse

def main(argv):
inputfile = ''
outputfile = ''

try:
    opts, args = getopt.getopt(argv,"hi:o:",["ifile=","ofile="])
except getopt.GetoptError:
    print('nii2png.py -i <inputfile> -o <outputfile>')
    sys.exit(2)
for opt, arg in opts:
    if opt == '-h':
        print('nii2png.py -i <inputfile> -o <outputfile>')
        sys.exit()
    elif opt in ("-i", "--input"):
        inputfile = arg
    elif opt in ("-o", "--output"):
        outputfile = arg

print('Input file is ', inputfile)
print('Output folder is ', outputfile)

请忽略函数的缩进。

【问题讨论】：

标签： python parsing image-preprocessing medical-imaging

【解决方案1】：

可能更好的计划是为输出文件夹设置一个-o 参数，并将命令行的其余部分作为输入文件名，而不是使用单个-i 参数。现在您可以指定 nli2png.py -o xxx a*.png b*.png left/c*.png 之类的内容。

import numpy, shutil, os, nibabel
import sys
import scipy.misc
import imageio

def main(argv):
    if not argv:
        print('nii2png.py -o <outputfolder> <input> <input>...')
        sys.exit()

    grab = 0
    outputfolder = '.'
    inputfiles = []
    for arg in argv:
        if arg == '-o':
            grab = 1
        elif grab:
            outputfolder = arg
            grab = 0
        else:
            inputfiles.append(arg)

    print('Input files are ', inputfiles)
    print('Output folder is ', outputfolder)

main(sys.argv[1:])

【讨论】：

我确实了解您的思考过程，但此解决方案不起作用。我尝试在代码中放置一个循环，将每个输入文件转换为 png 格式，但它不接受输入文件。
我已经添加了python文件的链接，你能建议修改一下吗？
我的代码运行良好。 “不接受”是什么意思？什么错误，在哪一行？您必须准确，因为我没有任何这些图像用于测试。
您应该更改代码以询问旋转并在该循环之外创建输出文件夹。
是的，谢谢！！它起作用了。“您应该更改代码以询问旋转并在该循环之外创建输出文件夹” -> 会这样做。

【解决方案2】：

您可以使用 argparse。

import argparse

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Convert files, syntax: nii2png.py -i <inputfile> -o <outputfile>')
    parser.add_argument('-i', '--inputfiles', nargs='+', help='Paths of input files.')
    parser.add_argument('-o', '--outputfolder', default='', help='Output folder.')
    args = parser.parse_args()

    print(f'Input files: {args.inputfiles}')
    print(f'Output folder: {args.outputfolder}')
    
        
if __name__ == "__main__":
    main()

【讨论】：