如何同时显示两个 PCA 图？答案

【问题标题】：How to display two PCA graph together?如何同时显示两个 PCA 图？
【发布时间】：2020-02-10 02:47:45
【问题描述】：

我对 R 比较陌生，我不太确定如何实现这一点。现在我使用 prcomp 对两个不同的数据集执行 PCA。

data1.pr <- prcomp(data1, center=TRUE, scale=TRUE)
data2.pr <- prcomp(data2, center=TRUE, scale=TRUE)

我使用autoplot(data1.pr, frame = TRUE) 和autoplot(data2.pr, frame = TRUE) 绘制了图表，它显示了data1 和data2 的结果：

现在，我如何将这两张图片组合成一个不同组的情节？我搜索了一些答案，似乎geom 就是这样一种解决方案。但是，我不太确定如何通过分组来实现这一点。任何帮助将不胜感激！

【问题讨论】：

data1 的 PC1 不是 data2 的 PC1。因此，您可以将 PC 并排绘制在图上，但如果您想使用相同的图，请小心。
data1 的 PC1 可从data1.pr$x[, 1] 获得，PC2 可从data1.pr$x[, 2] 获得，依此类推。所以你可以使用data1.pr$x 为data1 绘制PC。
就像 Suren 说的，如果你使用不同的数据来做 PCA，很可能你会得到不同的主成分（除非你有相同的变量并且从相同的人口）。因此，将两个 PCA 粘贴到单个 plot 中并不是一个好主意。但是，您可以使用ggplot2 facets 或使用cowplot 包将这两个图并排放置到同一个figure 中
或者使用patchwork包

【解决方案1】：

使用以下库来控制绘图的大小。

library(repr) 
options(repr.plot.width = 5, repr.plot.height = 4)  # To set plot size

然后使用以下代码并排输出您的图 - 生成一个图。 .您需要调整高度和宽度（上图）以获得所需的结果。

par(mfrow = c(1, 2)  )       # To combine two plots

plot(data1)
plot(data2)

【讨论】：