R数据中的Isomap是碎片化的答案

【问题标题】：Isomap in R Data are fragmentedR数据中的Isomap是碎片化的
【发布时间】：2016-12-08 16:04:36
【问题描述】：

我有一个问题，关于R 上的isomap，我使用带有距离方阵的vegan 包：isomap(Dist, k=2) 我仍然有这个错误：

isomapdist(Dist) 中的错误；数据碎片化。

我不明白这是什么意思？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

Isomap 将使用仅使用 k 最近邻的点之间的路径来计算点之间的距离 - 在您的情况下，是三个最近邻。如果您的数据由不连贯的组件组成，那么在仅使用第 k 个最近邻的点之间可能没有任何路径。根据您要完成的工作，将数据分解为连接的集群并在每个集群上运行 isomap 可能就足够了。

我希望这会有所帮助。

【讨论】：

【解决方案2】：

使用参数epsilon而不是k，并将其调整到一个合适的值以成功。

library(vegan)
iso <- isomap(d, ndim=1, epsilon=0.3)

【讨论】：