R- prcomp() 的“x”中的无限或缺失值

Question

Error in svd(x, nu = 0, nv = k) : infinite or missing values in 'x'

我正在使用prcomp() 并收到此错误消息。我试图做一个reprex，但无法重现该错误。我试过了：

df[is.na(df)] <- 0##NA values to 0
df <-df[which(rowSums(df) > 0),]##rm rows with only zeros
df <- df[, colSums(df != 0) > 0]##rm cols with only zeros

df 是一个data.frame，即list 而不是numeric。我已经没有想法了！我还能尝试什么？

Answer 1

虽然其中大部分看起来是正确的，但在这里可能会有所帮助的一件事是更改检查零列的方式。在这个问题上，最好检查length(unique(x)) 或者更好的var(x) < 10^-13（X 几乎没有变化，所以它几乎只有 1 个值）。

df[is.na(df)] <- 0
infs <- apply(df, 2, is.infinite)
rowswithinf <- rowsums(infs) > 0
#df[infs]  #handle infinite rows
#df[rowswithinf, ]  #Handle infinite rows
df <- df[!rowswithinf, ]

# Handle columns that almost only have 1 value:
nzv <- sapply(df, var) < 10^-13
df <- df[, !nzv]
prcomp(df)