如何根据数据框单元格名称对 PCA 图进行颜色编码？答案

【问题标题】：How to colour code a PCA plot based on the data frame cell names?如何根据数据框单元格名称对 PCA 图进行颜色编码？
【发布时间】：2021-06-07 20:07:55
【问题描述】：

data.matrix <- matrix(nrow=100, ncol=10)
colnames(data.matrix) <- c(
  paste("wt", 1:5, sep=""),
  paste("ko", 1:5, sep=""))
rownames(data.matrix) <- paste("gene", 1:100, sep="")
for (i in 1:100) {
  wt.values <- rpois(5, lambda=sample(x=10:1000, size=1))
  ko.values <- rpois(5, lambda=sample(x=10:1000, size=1))
 
  data.matrix[i,] <- c(wt.values, ko.values)
}
head(data.matrix)
dim(data.matrix)

pca <- prcomp(t(data.matrix), scale=TRUE) 

intall.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
 
pca.data <- data.frame(Sample=rownames(pca$x),
  X=pca$x[,1],
  Y=pca$x[,2])
pca.data
 
ggplot(data=pca.data, aes(x=X, y=Y, label=Sample)) +
  geom_text() +
  xlab(paste("PC1 - ", pca.var.per[1], "%", sep="")) +
  ylab(paste("PC2 - ", pca.var.per[2], "%", sep="")) +
  theme_bw() +
  ggtitle("My PCA Graph")

上面的代码给了我这个最终的 pca 图：

如何将 wt 和 ko 点变成彩色点？（即，将所有“wt”点更改为蓝点，将所有“ko”点更改为红点）

【问题讨论】：

标签： r pca

【解决方案1】：

编辑：在我最初回答后问题发生了变化，请参阅底部以获取更新的答案。

您可以使用substr() 获取Sample 的第二个字符，然后将其传递给col。这是一个例子：

library(ggplot2)
library(dplyr)

example_data <- data.frame(
  Sample = c("A1.1", "H2.1", "F2.1", "B1.1", "C1.1", "S2.1", "J2.1", "K1.1"),
  X = rnorm(n = 8),
  Y = rnorm(n = 8)
)


example_data %>% 
  mutate(prop = substr(Sample, 2, 2)) %>% # Make a new column with the values
  ggplot(aes(x = X, y = Y, label = Sample, col = prop)) +
  geom_text() +
  xlab(paste("PC1 - ")) +
  xlab(paste("PC2 - ")) +
  scale_color_manual(values = c("1" = "blue", "2" = "red")) + # Assigns colour to values
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "none") # Removes legend

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2021-06-07 创建}

对于已编辑的问题，这里是如何获取分数而不是文本。只需将geom_text() 替换为geom_point()。


example_data %>% 
  mutate(prop = substr(Sample, 2, 2)) %>% # This is where the magic happens
  ggplot(aes(x = X, y = Y, label = Sample, col = prop)) +
  # geom_text() +
  geom_point() + # Will add points
  xlab(paste("PC1 - ")) +
  ylab(paste("PC2 - ")) +
  scale_color_manual(values = c("1" = "blue", "2" = "red")) +
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "none")

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2021 年 6 月 7 日创建}

【讨论】：