R pca ggbiplot 错误：替换有 36 行，数据有 35答案

【问题标题】：R pca ggbiplot error : replacement has 36 rows, data has 35R pca ggbiplot 错误：替换有 36 行，数据有 35
【发布时间】：2016-11-09 02:26:16
【问题描述】：

我是 R 新手。我试图使用 pca 和 ggbiplot 来显示 pca 结果，但不知何故陷入了一些我无法解决的错误。也许我的数据有问题，因为代码可以很好地处理其他数据。我将我使用的代码和数据文件放在以下链接中，以防您想重新创建场景：-

https://drive.google.com/drive/folders/0B2jQ7Vh3S3PaZkt3Y2ZyaV9XaXc

代码：pca-plot.R 数据文件 1：dat1.rda（这个工作正常）数据文件2：dat2.rda（这个有问题）

感谢任何帮助。我得到的错误在底部。

谢谢， --我们

> g <- ggbiplot(tr.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
+               groups = Ydfall, 
+               ellipse = TRUE, 
+               circle = TRUE)
Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "groups", value = c(1L, 1L, 1L, 1L,  : 
  replacement has 36 rows, data has 35
> g <- g + scale_color_discrete(name = '')
Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour',     which will replace the existing scale.
> g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
+                legend.position = 'top')
> g<- g+ geom_point(size=1, shape=1, color="black", stroke=2)  
> 
> print(g)
>

【问题讨论】：

标签： r pca ggbiplot

【解决方案1】：

您来自dat2.rda 的dfall 具有NA（尝试which(is.na(dfall), arr.ind = T)），这会导致您的问题。你在使用prcomp() 时使用了na.omit()，但在创建Ydfall 时没有使用。

Ydfall <- na.omit(dfall)[,1]   # quick fix

# but if I were you, I would do first;
dfall <- na.omit(dfall)

【讨论】：