列出神经元部分属性/信息的简单方法？答案

【问题标题】：Easy way to list NEURON section properties/information?列出神经元部分属性/信息的简单方法？
【发布时间】：2016-03-01 00:53:31
【问题描述】：

在 NEURON 模拟器中，除了单独迭代每个属性之外，还有更简单的方法来列出部分的属性吗？

【问题讨论】：

标签： python neural-network neuroscience biological-neural-network neuron-simulator

【解决方案1】：

如果您使用的是 NEURON gui，您还可以在 NEURON 的控制菜单中找到部分属性：

工具->模型视图

这将打开一个 ModelView 窗口，其中包含部分和段详细信息，例如：

细胞类型：真实细胞/人造细胞
NetCon 对象
LinearMechanisms 对象
密度机制
点流程

如果您单击每个属性，则会出现一个下拉菜单，其中显示所选属性的详细信息

如果您点击细胞类型（真实/人造细胞），您还可以查看模型的结构

【讨论】：

【解决方案2】：

有psection() 方法。一旦感兴趣的部分是push()ed。输入 psection() 或在 Python 中输入 h.psection(sec=your_section) 将产生以下示例结果：

>>> h.psection(sec=h.Granule[0].soma)

Granule[0].soma { nseg=1  L=8  Ra=80
    /*location 0 attached to cell 5*/
    /* First segment only */
    insert morphology { diam=8}
    insert capacitance { cm=4}
    insert pas { g_pas=0 e_pas=-65}
    insert kamt { gbar_kamt=0}
    insert nax { sh_nax=15 gbar_nax=0}
    insert na_ion { ena=60}
    insert kdrmt { gbar_kdrmt=0}
    insert k_ion { ek=-90}
    insert Exp2Syn { tau1=5 tau2=50 e=0}
    insert IClamp { del=50 dur=200 amp=0.09}
}

【讨论】：

推送一个节通常是不好的形式，因为节堆栈会影响很多事情。最好使用限制效果的 sec= 关键字参数，例如h.psection(sec=h.Granule[0].soma);在 NEURON 7.6+ 中，还有一个 psection 方法可以返回您的代码可以分析的数据结构。
感谢@ramcdougal 的提示