pymc3 不工作，使用 Anaconda3 得到 nan 和 none 类型错误答案

【问题标题】：pymc3 not working, getting nan and none type errors using Anaconda3pymc3 不工作，使用 Anaconda3 得到 nan 和 none 类型错误
【发布时间】：2018-07-08 21:47:09
【问题描述】：

编辑：在下面的答案中找到了解决方案。将问题留给可能有同样问题的其他人。

我刚刚安装了 pymc3，它只是“部分”为我工作。我在 Windows 上使用 Anaconda 进行 64 位安装，但我认为这不是问题（即，我认为问题不是需要切换到 32 位 anaconda）。

各种示例对我不起作用，因此我尝试通过此示例进行操作： http://docs.pymc.io/notebooks/getting_started.html#A-Motivating-Example:-Linear-Regression

一切正常，直到：

   with basic_model:
       # draw 500 posterior samples
       trace = pm.sample(500)

那时，我得到一个错误。编辑：我确实有理由相信它是 loky，因为通过重新安装 theanos 和其他东西，我已经走得更远了。但我仍然得到这个：

C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\h5py\__init__.py:36: FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`.
  from ._conv import register_converters as _register_converters
Running on PyMC3 v3.4.1
WARNING (theano.gof.compilelock): Overriding existing lock by dead process '26576' (I am process '27640')
Auto-assigning NUTS sampler...
Initializing NUTS using jitter+adapt_diag...
Multiprocess sampling (2 chains in 2 jobs)
NUTS: [sigma_log__, beta, alpha]
Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-1-1ef2ccded6b8>", line 1, in <module>
    runfile('C:/Users/Yurik/.spyder-py3/temp.py', wdir='C:/Users/Yurik/.spyder-py3')

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\spyder\utils\site\sitecustomize.py", line 705, in runfile
    execfile(filename, namespace)

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\spyder\utils\site\sitecustomize.py", line 102, in execfile
    exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

  File "C:/Users/Yurik/.spyder-py3/temp.py", line 57, in <module>
    trace = pm.sample(500)

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\pymc3\sampling.py", line 442, in sample
    trace = _mp_sample(**sample_args)

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\pymc3\sampling.py", line 982, in _mp_sample
    traces = Parallel(n_jobs=cores, mmap_mode=None)(jobs)

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\joblib\parallel.py", line 962, in __call__
    self.retrieve()

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\joblib\parallel.py", line 865, in retrieve
    self._output.extend(job.get(timeout=self.timeout))

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\joblib\_parallel_backends.py", line 515, in wrap_future_result
    return future.result(timeout=timeout)

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\joblib\externals\loky\_base.py", line 431, in result
    return self.__get_result()

  File "C:\Users\Yurik\Anaconda3\lib\site-packages\joblib\externals\loky\_base.py", line 382, in __get_result
    raise self._exception

BrokenProcessPool: A process in the executor was terminated abruptly while the future was running or pending.

【问题讨论】：

标签： python python-3.x anaconda pymc pymc3

【解决方案1】：

我终于明白了！跟踪函数后，我注意到 loky 得到 cores = None，并且有一个可选参数。因此，该示例需要在 pm.sample 的参数中包含 cores = 1（或类似的），然后它才有效！如下所示

with basic_model: 
   # draw 500 posterior samples 
   trace = pm.sample(500, cores=1)

（尽管我还需要安装/重新安装几个依赖项，theanos 和 mw64 或类似的东西，但在我到达这一点之前）

【讨论】：