QueryBadFormed 使用 Uniprot SPARQL 端点答案

【问题标题】：QueryBadFormed using Uniprot SPARQL endpointQueryBadFormed 使用 Uniprot SPARQL 端点
【发布时间】：2020-07-20 13:08:05
【问题描述】：

我正在使用 SPARQLWrapper 从 Python 编写 SPARQL 查询。端点是 Uniprot，但 50% 的时间，执行代码时出错：

def getReviewProt(accession): 
    #print(accession)  
    mystring = '(uniprot:' + ') (uniprot:'.join(accession) + ')'
    #print(mystring)
    sparql = SPARQLWrapper("http://sparql.uniprot.org/sparql")

    sparql.setQuery("""
                    PREFIX  up_core: <http://purl.uniprot.org/core/>
                    PREFIX  up_taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
                    PREFIX  rdf:  <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
                    PREFIX  owl:  <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
                    PREFIX  apf:  <http://jena.hpl.hp.com/ARQ/property#>
                    PREFIX  xsd:  <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
                    PREFIX  fn:   <http://www.w3.org/2005/xpath-functions#>
                    PREFIX  rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
                    PREFIX  uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
                    PREFIX  dc:   <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
                    SELECT ?is_true
                    WHERE
                        {
                         VALUES (?ac) {"""+mystring+"""}
                         ?ac  up_core:reviewed  ?is_true   
                        }
                    """) 
    sparql.setReturnFormat(JSON)
    results = sparql.query().convert()
    return results

if __name__ == '__main__' :
    import sys
    #print(sys.path)
    accession = ["Q6GZX4","Q96375","B1XBG2"]
    res = getReviewProt(accession)
    for r in res['results']['bindings']:
       print(r['is_true']['value'])

所以我得到了这个错误：

QueryBadFormed: a bad request has been sent to the endpoint, probably the sparql query is bad formed

当我尝试查看确切的错误时，这是我得到的：

Exception:virtuoso.jdbc4.VirtuosoException: SQ156: Internal Optimized compiler error : sqlo table has no index in sqldf.c:3782.
Please report the statement compiled

最奇怪的是，当我尝试执行它时，它可以工作，但有 50% 的时间。在此地址的端点中进行查询时，我得到完全相同的错误：http://sparql.uniprot.org/sparql。有时它工作得很好，所以我迷路了，当然，我希望我的程序每次执行时都能正常工作。他们在端点中使用 Virtuoso 软件，所以我猜问题来自那里，但我不知道 Virtuoso 是如何工作的。我是 SPARQL 的新手，所以我很难理解和解决所有错误，谁能帮我？或者如果这个问题已经解决了，我很高兴有这个链接:) 谢谢

【问题讨论】：

该查询大部分时间都有效......这显然是一个非常基本的查询，所以也许您的某些实体无效？我的意思是，您使用的是 URI 的前缀形式，所以也许其中一些确实包含前缀形式的非法字符？
也就是说，整个端点是公共免费服务，不保证一直工作。显而易见的方法是下载数据并将其加载到您自己的三重存储中。这是保证 24/7 的唯一方法。我的意思是，如果他们决定关闭服务器或只进行几小时/几天的维护，你会怎么做？但是，是的，它也可能只是 Virtuoso 后端中的一个错误，尽管我会先检查您失败的查询。
您好@UninformedUser，感谢您的回答。我认为问题也可能是因为我使用 python 列表作为参数（查询中的 mystring），也许这会导致问题......但我使用了与 Uniprot 命名空间相同的前缀，所以通常它应该是正确的方式，不是吗？
我的意思是，您不能以资源的前缀形式处理所有字符。像 uniprot:foo/bar 对包含未转义的 / 字符的本地表单无效。所以我的问题，你能重现错误吗？我的意思是，您应该能够跟踪 Python 列表的元素，对吧？
是的，当然，这里的前缀uniprot: 与登录号一起使用，一串字符（只有大写的字母和数字）直接为我们提供了蛋白质的页面，因此可以不是那种字符，我打印了我的python列表中的项目，这没有问题，我的意思是我会看到它有一个错误，因为我有一个小列表，但我记住它以防万一它会发生

标签： python sparql virtuoso sparqlwrapper

【解决方案1】：

问题不在于您的代码，而在于运行 sparql.uniprot.org 端点的两台服务器之一。如果你请求去'好'机器它工作，如果它去'坏'机器它失败。两台机器现在应该都不错了。

【讨论】：