R代码mcmcplots函数答案

【问题标题】：R code mcmcplots functionR代码mcmcplots函数
【发布时间】：2012-10-25 22:22:08
【问题描述】：

有没有办法让 R mcmcplot() 函数在被调用时不打开浏览器？我需要在集群上运行我的 R 代码，如果 mcmcplot() 尝试打开浏览器，它会呕吐。

可以将输出转储到文件中吗？

【问题讨论】：

可以try(mcmcplot())解决你的问题吗？

标签： r plot mcmc

【解决方案1】：

该函数将所有内容写入文件并在浏览器中打开它。如果您不想打开浏览器，我建议您编辑函数以传递是否要在浏览器中打开作为参数。您可以通过输入不带任何括号的名称来检索函数。

mcmcplot

然后将该输出复制到编辑器，并在开始时更改函数名称并添加参数：

mcmcplotnew=function (mcmcout, parms = NULL, regex = NULL, random = NULL, 
    leaf.marker = "[\\[_]", dir = tempdir(), filename = "MCMCoutput", 
    extension = "html", title = NULL, heading = title, col = NULL, 
    lty = 1, xlim = NULL, ylim = NULL, style = c("gray", "plain"), 
    greek = FALSE,ShouldIPlotinbrowser=T)   #new argument here

那么函数还有更多的部分

然后在最后有

    cat("\r", rep(" ", getOption("width")), "\r", sep = "")
    cat("\n</div>\n</div>\n", file = htmlfile, append = TRUE)
    .html.end(htmlfile)
    full.name.path <- paste("file://", htmlfile, sep = "")
    browseURL(full.name.path)
    invisible(full.name.path)
}

如果你有 browsURL 行，将其设置为：

if(ShouldIPlotinbrowser) { browseURL(full.name.path) }

然后在运行之前初始化该函数：

mcmcplotnew(whatever, usual, arguments,then,ShouldIPlotinbrowser=F)

【讨论】：

【解决方案2】：

看the source，好像没有。那里有对browseURL() 的无条件呼叫。也许通过制作一个在全局命名空间中什么都不做的函数的虚拟版本，可以避免它的影响。

browseURL <- identity

这也可能会破坏其他浏览器活动，因此在mcmcplot 调用之后，您可能需要

rm(browseURL)

或者，从mcmcplot 复制除browseURL 行之外的所有代码并改用该函数。

【讨论】：