【发布时间】：2018-11-12 22:37:36
【问题描述】：
我正在使用联合查询从远程服务器检索一些信息，但我不想检索我在联合查询中处理的所有变量（选择 *），我只想返回计数变量。我该怎么做？
代码：
SERVICE <https://sparql.uniprot.org/sparql/> {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
如果不是联合查询，我会这样做：
SELECT distinct (count(distinct ?protein) as ?count) WHERE {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
但是在联合查询中我无法选择变量，那么有没有办法做我想做的事？
** 编辑 1 **
在@TallTed 回复后，我注意到我可能跳过了一些细节以使问题简单，但事实证明细节很重要，所以我将描述整个情况。
我有一个本地数据集，其中包含有关生物过程和基因的三元组。我必须计算与每个生物过程相关的基因数量，并将该数字除以 Uniprot 中识别出的关于同一生物过程（及其“子代”）的蛋白质总数。
为此，我首先查询本地数据集，计算每个生物过程的基因，然后运行联合查询来计算 Uniprot 中每个生物过程（及其“子代”）中所有已识别的蛋白质。
完整的 SPARQL 代码：
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX up:<http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX owl:<http://www.w3.org/2002/07/owl#>
SELECT DISTINCT ?bp_iri ?bp_count (count(distinct ?protein) as ?bp_total) ((?bp_count / ?bp_total) as ?divided) WHERE {
{
SELECT DISTINCT ?bp_iri (COUNT(?bp_iri) as ?bp_count) WHERE{
?genes_iri a uniprot:Gene .
?genes_iri obo:RO_0000056 ?bp_iri .
}group by ?bp_iri order by DESC(?bp_count)
}
SERVICE silent <https://sparql.uniprot.org/sparql/> {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
}group by ?bp_iri ?bp_count ?bp_total order by DESC(?divided)
当我使用 Jena ARQ（查询引擎）运行此查询时，变量 ?bp_iri 在 HTTP 请求时被特定的生物过程 IRI（每个生物过程一个 HTTP 请求）替换，如图所示下面：
请注意，在explain 图像中，联合查询正在选择所有内容 (*)，但问题是我不想检索我在联合查询中处理的所有这些关系，我只想检索计数，但计数是一个聚合函数，只允许放在 SELECT 关键字前面。 （我不想检索所有的关系，因为这些查询返回了很多三元组（数万，有时是数百万），并且没有必要将它们放在我的计算机中只是为了计数。）
为了解决这个问题，我尝试在联合查询中创建一个子查询，以仅选择计数 (?bp_total) 而不是所有三元组。使用的代码：
SERVICE silent <https://sparql.uniprot.org/sparql/> {
{
SELECT (count(distinct ?protein) as ?bp_total) WHERE {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
}
}
再次运行explain，我注意到当我在联合查询中放置一个子查询时，变量?bp_iri没有被生物过程IRI替换，如下图所示：
考虑到这一点，我如何才能仅从联合查询中检索计数？
抱歉，帖子太长了。
【问题讨论】：
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您的数据集中有多少个进程？ Uniprot本体有多少个进程？
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我认为长帖不是问题，但我建议修改/扩展问题应该是一个新问题——因为它与它“编辑”的问题有很大不同。跨度>
标签： sparql jena arq federated-queries