mambaforge，pycharm 解释器中的 conda 可执行路径为空（Linux mint 20）

Question

我已经使用mambaforge 安装了conda 环境以使用snakemake。我已按照Snakemake setup tutorial 的说明安装mambaforge。我已经创建了环境并创建了一个.py 文件，但是当我尝试运行它时，它显示的是纯代码而不是编译它。当我去修复它并在我的PyCharm interpreter 中添加Conda environment 时，它向我显示以下错误：

我尝试通过浏览到mambaforge/bin/conda 添加conda executable path，但它仍然显示错误。

我也尝试使用which conda 来找到正确的路径，但我没有给我一个路径，而是在conda base 环境以及我的设置环境中尝试了which conda，它返回的只是以下内容：

我确定我的 conda 环境设置为 conda --version 命令显示我安装的版本。

Answer 1

我不知道 mambaforge conda 发行版，我正在使用 Anaconda / Miniconda 发行版和已安装的 mamba 模块，因此我可以使用终端（即从命令行）创建一个蛇形环境并在 PyCharm 设置中注册为 Python 解释器作为“Conda 环境 | 现有环境”（参见您的第一个屏幕截图）。

所以我建议你：

1. 检查“现有环境”是否适合您，例如能够找到您的 conda 环境（例如 base 或其他）。
2. 您可以在my detailed guide 的帮助下设置 Anaconda/Miniconda + mamba + 配置 PyCharm 以使用 Snakemake

P.S：我总是使用命令行运行 snakemake 脚本，例如从绑定到 PyCharm 的终端，或者只是系统终端应用程序或远程服务器上。我不为此使用 PyCharm 运行配置。至于 PyCharm，我将它与 SnakeCharm 插件一起使用，以获得良好的 snakemake 和 python 代码编辑支持