导入 igraph-python 时遇到问题

Question

我的系统上有CentOS release 6.8 (Final)。我已经通过

安装了igrph-python

conda install -c marufr python-igraph=0.7.1.post6

当我尝试导入包时出现错误：

ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /home/abolfazl/.python-eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so)

我搜索了类似的问题并找到了一些答案。我像this one 一样尝试过它们。 但是，我还是得到了ImportError。 你有什么解决办法吗？ 非常感谢

Answer 1

TL;DR:

conda install -yc nehaljwani python-igraph=0.7.1.post6

好的，让我们看看共享库存在哪些版本依赖：

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBC_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
2.14

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBCXX_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
3.4.15

让我们看看系统提供了什么：

strings /lib64/libc.so.6  | grep -Po '(?<=GLIBC_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
2.12

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep -Po '(?<=GLIBCXX_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
3.4.13

如您所见，3.4.13 是 3.4.15 和 2.12 是 2.14，因此共享库 _igraph.so 不会加载。

好的，所以你有一些选择：

方案一：使用 conda 的 gcc 和 libxml2 build 构建包。

yum install -y gcc-c++ libxml2-devel
bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
conda install -y conda-build
conda install -yc marufr python-igraph=0.7.1.post6
conda install -y gcc libxml2
export LD_LIBRARY_PATH=~/m2/lib/
conda build $CONDA_PREFIX/pkgs/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0/info/recipe/
conda remove -y python-igraph
conda install $CONDA_PREFIX/conda-bld/linux-64/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0.tar.bz2
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

请注意，我使用了来自 conda 的 gcc，并且我必须设置 LD_LIBRARY_PATH，以便在测试包时，它会选择 $CONDA_PREFIX/lib/libstdc++.so 而不是系统的 libstdc++.so。因此，下次您使用自己构建的包时，您也必须使用 conda 安装 gcc。嗯，工作量太大了。

方案2：构建包，但使用系统的gcc和libxml2

yum install -y gcc-c++ libxml2-devel
bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
conda install -y conda-build
conda install -yc marufr python-igraph=0.7.1.post6
conda build $CONDA_PREFIX/pkgs/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0/info/recipe/
conda remove -y python-igraph
conda install $CONDA_PREFIX/conda-bld/linux-64/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0.tar.bz2
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

请注意，这一次，我不必导出LD_LIBRARY_PATH 并依赖旧的系统库。现在，您无需在每次使用此软件包时都使用 conda 安装 gcc。但是，工作量还是太大了，嗯。

方案3.让pip做共享库的编译：_igraph.so

yum install -y gcc-c++ libxml2-devel
bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
pip install python-igraph==0.7.1.post6
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

备选方案 4：我已经为您构建了软件包并将其放在我的频道上。随意使用它:-)

bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
conda install -yc nehaljwani python-igraph=0.7.1.post6
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

替代方案 4 是目前最简单的，但为什么它会起作用？现在让我们看看它的依赖关系：

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBCXX_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
3.4

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBC_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
2.7

如您所见，3.4 是 3.4.15 和 2.7 是 2.12，因此共享库 _igraph.so 现在加载系统的旧库:-)