在 Singularity 容器中激活 conda 环境

Question

所以，我想这是以一种非常简单的方式完成的，但我没有这方面的经验，所以我不明白问题出在哪里。假设我有一个 conda 环境 example_env 和一个奇点图像 example.simg。

我可以运行图像： singularity run --nv /mnt/appl/singularity_images/pytorch-19.03-py3.simg

一旦我在 Singularity 容器中，我可以写 conda activate example_env，它对我来说没有任何问题。

现在，我想从交互式部分切换到脚本。因此，我没有使用singularity run 并进入交互式shell，而是尝试了singularity exec：singularity exec example.simg bash scripts/train.sh，其中train.sh 只包含一个（当然，只是现在）命令：conda activate example_env。

但是，现在它不起作用，并给我以下错误：CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'. To initialize your shell, run $ conda init <SHELL_NAME> 如果我尝试按照错误消息，并添加 conda init 命令，它没有帮助。

出了什么问题，我该如何运行 conda activate 和 singularity exec？

Answer 1

我认为您不会运行此 stackoverflow 中所示的 echo 命令。 我认为您应该检查以下内容。

Activate conda environment on execution of Singularity container in Nextflow