安装/激活 R 时 conda 无限期挂起

Question

昨天的某个时候，我开始遇到 (mini)conda 和包含 R 的环境的问题。基本上将 R 安装到环境中，或激活包含 r-base（或其某些依赖项）的环境可重现地导致 conda 进程完全冻结终端。 Ctrl+c 什么都不做，按回车键甚至不会创建换行符。它完全冻结了。

以下为我重现了错误：

conda create -n r-env r-base
conda activate r-env

这只是无限期地挂起（或者至少它持续了一夜没有变化）。

我已经尝试删除 conda 并重新安装它，并删除了我的大部分环境。

...有什么想法吗？

编辑：不知何故，这是 conda-forge 的 r-base 版本......从我的 condarc 的频道列表中删除它意味着这不再挂起。奇怪的是 conda-forge 的 r-base 上次更新是 7 天前，直到昨天我才遇到问题。

Answer 1

调试 Conda 激活

Conda 激活主要是关于在 shell 会话中管理环境变量。对于 POSIX shell，可以使用查看运行的核心

# need to use the actual binary `conda` 
~/miniconda3/condabin/conda shell.posix activate r-env

对我来说，这显示了正在设置的几个特定于 Conda 的环境变量，以及与包关联的四个激活脚本：

• gfortran_osx-64
• r-base
• clang_osx-64
• clangxx_osx-64

我会尝试依次运行每一个，以找出问题所在。

指出 BASH 的 set -x 命令也可能很有用，以跟踪所有正在运行的命令。例如，可以尝试以下操作：

set -x && . ~/miniconda3/envs/r-env/etc/conda/activate.d/activate-r-base.sh && set +x

跟踪特定的激活脚本。

其他 Conda 激活说明

可以通过以下方式查看conda activate 的 BASH 源代码：

type conda
type __conda_activate

但这不太可能发生在问题发生的地方，因为这似乎是安装了conda-forge::r-base 的环境所特有的。