在 SQLite 崩溃 R（OSX 和 Ubuntu）中加载空间扩展答案

【问题标题】：Load spatialite extension in RSQLite crashes R (OS X & Ubuntu)在 SQLite 崩溃 R（OSX 和 Ubuntu）中加载空间扩展
【发布时间】：2013-08-07 15:21:26
【问题描述】：

我正在对空间数据库运行一些查询，并希望将数据直接导入 R。This page 建议我可以这样做：

library(RSQLite)
sqldrv <- dbDriver("SQLite") 
con <- dbConnect(sqldrv, dbname = "/path/to/db.sqlite",loadable.extensions = TRUE)  
spatialitestatus <- dbGetQuery(con, "SELECT load_extension('libspatialite.dylib')")

但是当我这样做时，R 会出现以下错误：

 *** caught segfault ***
address 0x0, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("RS_SQLite_fetch", rsId, nrec = n, PACKAGE = .SQLitePkgName)
 2: sqliteFetch(rs, n = -1, ...)
 3: sqliteQuickSQL(conn, statement, ...)
 4: dbGetQuery(con, "SELECT load_extension('/usr/local/lib/libspatialite.dylib')")
 5: dbGetQuery(con, "SELECT load_extension('/usr/local/lib/libspatialite.dylib')")

就我而言，spatialite 是使用 Homebrew 从源代码构建的，我通常使用的 sqlite 版本也是如此。在 libspatialite 自制程序定义中，它说它取决于 sqlite > 3.7.3。我自制的 sqlite 版本是 3.7.17

我不确定默认情况下会引入哪个版本的 sqlite RSQLite，但我认为它是 RSQLite 源包中包含的 3.7.17 版本。我尝试使用install.packages(c("RSQLite"), type="source") 从源代码构建 RSQLite，希望它可以简单地使用我的 sqlite 版本，但它看起来不像。或者，如果确实如此，它仍然会崩溃。

最后，我应该提一下，我在两个版本的 R 下尝试过，结果相同：

R 3.0.0 从 CRAN 以二进制形式下载
R 3.0.1 以源代码形式下载并通过自制软件安装

更新：

使用 Ubuntu FOSS GIS 存储库提供的 libspatialite5 在 Ubuntu 13.04 中确认崩溃。

【问题讨论】：

Mac 分支的维护者 Simon Urbanek 建议不要使用任何 MacPorts、Homebrew 或 Fink 来安装外部包。
外部包是什么意思？非 R 系统库？对于spatialite，我什至不知道在哪里下载预构建的二进制文件。如果我是从源代码构建，我会完全按照 homebrew 的方式进行。
是的，如果您更喜欢非 R 系统库。 markmail.org/message/… 据我了解，问题出现是因为源被构建到“错误”目录中。通过发布到 Mac-R 邮件列表，您可以获得更多知识渊博的建议。
据我所知，没有任何版本的 libspatialite 可通过 R 打包方式获得。

标签： r sqlite spatialite

【解决方案1】：

似乎最新版本的 libspatialite (4.x) 存在问题。此外，加载自制的 libspatialite3 扩展是可行的，但随后的查询导致相同的段错误。

最后，我的（短期的、临时的、骇人听闻的）解决方案是创建一个 R 包，它编译自己的空间数据并加载它。 RSQLite.spatialite can be found here.

【讨论】：