【问题标题】:Error when creating summary table with table1: "invalid model formula in ExtractVars"使用 table1 创建汇总表时出错:“ExtractVars 中的模型公式无效”
【发布时间】:2020-02-16 19:26:03
【问题描述】:

我是第一次使用 table1 包。 我正在尝试创建描述性统计的汇总表

这是我的代码

data <- read_excel("correct file path", 
                      skip= 1,) 


mydata <-  data[, -c(19:40)]
i <-  c(5:18)

mydata[, i] <- apply(mydata[, i],2, function(x) as.numeric(as.character(x))) 


mydata <-  na.omit(mydata)

table1::label(dat$Sex) <- "Sex"
table1::label(dat$Age) <- "Age"
table1::label(dat$SBP) <- "SBP"
table1::label(dat$DBP) <- "DBP"
table1::label(dat$BMI) <- "BMI"
table1::label(dat$WHR) <- "waist:Hip"
table1::label(dat$`LTM %`) <- "% Lean tissue mass"
table1::label(dat$`FM %`) <- "% Fat mass"

sumtab <- table1::table1(~Sex + Age + SBP + DBP + BMI + WHR + 'LTM %' + 'FM %' , data = dat) 

我收到以下错误

Error in terms.formula(formula, data = data) : 
  invalid model formula in ExtractVars

我看不出我做错了什么

【问题讨论】:

  • 不清楚你的 dat df 在哪里

标签: r statistics summary


【解决方案1】:

问题在于单引号 ('),而不是使用反引号

sumtab <- table1::table1(~Sex + Age + SBP + DBP + BMI +
            WHR + `LTM %` + `FM %` , data = dat) 

使用可重现的示例

library(table1)
 table1(~ sex + age + wt  + 'LTM %', data=dat)

terms.formula(formula, data = data) 中的错误:模型无效 ExtractVars 中的公式

单引号会导致 OP 帖子中的错误

table1(~ sex + age + wt  + `LTM %`, data=dat) 

-输出

数据

set.seed(24)
dat <- expand.grid(id=1:10, sex=c("Male", "Female"), treat=c("Treated", "Placebo"))
dat$age <- runif(nrow(dat), 10, 50)
dat$age[3] <- NA  # Add a missing value
dat$wt <- exp(rnorm(nrow(dat), log(70), 0.2))
dat$`LTM %` <-  sample(40:50, nrow(dat), replace = TRUE)
label(dat$sex) <- "Sex"
label(dat$age) <- "Age"
label(dat$treat) <- "Treatment Group"
label(dat$wt) <- "Weight"
label(dat$`LTM %`) <- "% Lean tissue mass"

【讨论】:

  • 谢谢。这样就解决了。你知道如何不在汇总表中显示缺失值吗?我已经尝试过 NAkeep = FALSE 和 na.rm = true,但仍然显示缺失值
  • @MarkDavies 是na.rm = TRUE 而不是true
  • 您可以设置 render.missing=NULL 来抑制缺失值。
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