在 ldply() 中使用 summary(glm-object) 和 summarise() - 函数答案

【问题标题】：Using summary(glm-object) inside ldply() with the summarise() - function在 ldply() 中使用 summary(glm-object) 和 summarise() - 函数
【发布时间】：2013-02-19 12:57:41
【问题描述】：

如何使用 ldply()-summarise-function 中的 summary-function 来提取 p 值？

示例数据：

（预装数据框“嘌呤霉素”）

library(reshape2)
library(plyr)
Puromycin.m <- melt( Puromycin , id=c("state")  )
Puro.models <-  dlply( Puromycin.m , .(variable)  , glm , formula =  state ~ value  , 
family = binomial  )

我可以用提取的结果构造这个数据框：

ldply( Puro.models  ,  summarise ,  "n in each model" = length(fitted.values) ,   
"Coefficients" = coefficients[2] )

但我不能以同样的方式提取 p 值。我认为这会起作用，但它不起作用：

    ldply( Puro.models  ,  summarise ,  
    "n in each model" = length(fitted.values) , 
    "Coefficients" = coefficients[2], 
    "P-value" = function(x) summary(x)$coef[2,4]              )

如何将 p 值提取到该数据框 :) 请帮忙！

【问题讨论】：

标签： r extract plyr summary glm

【解决方案1】：

为什么不直接获取呢？

library(reshape2)
library(plyr)
Puromycin.m <- melt( Puromycin , id=c("state")  )
Puro.models <-  ddply( Puromycin.m , .(variable), function(x) {
    t <- glm(x, formula = state ~ value, family="binomial")
    data.frame(n = length(t$fitted.values), 
                coef = coefficients(t)[2], 
                pval = summary(t)$coef[2,4])
})

> Puro.models
#   variable  n        coef      pval
# 1     conc 23 -0.55300908 0.6451550
# 2     rate 23 -0.01555023 0.1272184

【讨论】：

太好了，谢谢！您是否有任何建议阅读以更好地理解在 ddply() 中使用函数？
我非常喜欢this presentation。这是一个非常好的初步阅读。但是，我认为Hadley's documentation 是无可替代的。希望这会有所帮助。