通过 Networkx 中的属性值将颜色设置为节点组

Question

我有三种类型的节点（动态绘制成百上千个节点）

1- 动物 2-树 3- 人类

我正在从 JSON 文件中读取值，并使用未知值动态创建节点。

我想按它们的类型为它们着色。所以我分配了一个nodetype 属性来识别。

这是我的节点代码。

G.add_node(HumanID, nodetype="red", UserName=userName)
G.add_node(TreeID, nodetype="green", BranchName=branchName)
G.add_node(AnimalID, nodetype="blue", AName=aName)

并获取值

colors = set(nx.get_node_attributes(G,'nodetype').values())
print(colors)

输出：{'green', 'red', 'blue'}

我知道这是不对的，但我想要这样的东西

nx.draw(G,  node_color= colors)

所以它应该用 3 种不同的颜色绘制节点。我尝试了多种方法，但由于我是 Networkx 和 Matplotlib 的新手，所以没有成功。

Answer 1

当使用nx.draw 为图表着色时，关键是保持colors 的顺序与节点顺序相同。
所以使用集合是行不通的，因为它们是无序的并且不允许重复值。

你想要的是，来自nx.draw_networkx documentation：

node_color（颜色或颜色数组（默认='#1f78b4'））- 节点颜色。可以是单一颜色或与节点列表长度相同的颜色序列。颜色可以是字符串，也可以是 0-1 的浮点数的 rgb（或 rgba）元组。如果指定了数值，它们将使用 cmap 和 vmin,vmax 参数映射到颜色。有关详细信息，请参阅 matplotlib.scatter。

所以如果我们考虑一个列表，我们可以像这样获得colors：

colors = [u[1] for u in G.nodes(data="nodetype")]

这是一个例子：

G=nx.Graph()

G.add_node(1, nodetype="red")
G.add_node(2, nodetype="blue")
G.add_node(3, nodetype="green")
G.add_node(4, nodetype="red")
G.add_edge(1, 3)
G.add_edge(2, 4)
G.add_edge(2, 3)

colors = [u[1] for u in G.nodes(data="nodetype")]
nx.draw(G, with_labels =True, node_color = colors)

抽奖：

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编辑：

可能导致您遇到问题的一件事：

使用nodetype="not_a_color"添加节点：

G.add_node(4, nodetype="not_a_color")
colors = [u[1] for u in G.nodes(data="nodetype")]
nx.draw(G, with_labels =True, node_color = colors)

这给出了与您得到的相同的错误：

ValueError: 'c' argument must be a color, a sequence of colours, or a sequence of numbers, not ['red', 'blue', 'green', 'not_a_color']

当然，如果您的清单很长，则更难检查。
尝试运行以下命令，检查是否有既不是"red"、"green" 也不是"blue" 的颜色

colors = [u[1] for u in G.nodes(data="nodetype")]

not_colors = [c for c in colors if c not in ("red", "green", "blue")]
if not_colors:
    print("TEST FAILED:", not_colors)

如果您的任何节点的node_type 属性中有None，这会将这些节点打印为黑色：

#(change *colors* to):

colors = []
for u in G.nodes(data="nodetype"):
    if u[1] in ("red", "green", "blue"):
        colors.append(u[1])
    elif u[1] == None:
        colors.append("black")
    else:
        #do something?
        print("ERROR: Should be red, green, blue or None")