Matplotlib RuntimeWarning 显示 3D 绘图

Question

我有一个分析数据集然后输出 xyz 数据的脚本。为了了解数据的分布，我想在 3d 图中将其可视化。由于我没有使用 matplotlib 的经验，所以我只是从 here 复制了代码，并希望它可以与 my text file 一起使用，如下所示：

-0.9 -0.9 483
-0.9 -0.7 224
-0.9 -0.5 156
-0.9 -0.3 153
-0.9 -0.1 174
-0.9 0.1 268
-0.9 0.3 95
-0.9 0.5 59
-0.9 0.7 50
-0.9 0.9 199
-0.7 -0.9 917
-0.7 -0.7 244
-0.7 -0.5 208
-0.7 -0.3 148
-0.7 -0.1 139
-0.7 0.1 98
-0.7 0.3 52
-0.7 0.5 56
-0.7 0.7 60
-0.7 0.9 221
...

但是，一旦我启动脚本，我会收到以下错误，导致颜色条显示不正确：

Warning (from warnings module):
   File "C:\Program Files\Python35\lib\site-packages\matplotlib\colors.py", line 496
     cbook._putmask(xa, xa < 0.0, -1)
RuntimeWarning: invalid value encountered in less

此外，绘图的边缘有这些三角形。我不确定它们是否也是上述错误的结果。 这是输出：

这是我的代码：

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from matplotlib import cm
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.mlab import griddata
import numpy as np

fig = plt.figure()
ax = fig.gca(projection='3d')

data = np.genfromtxt('plot.txt')
x = data[:,0]
y = data[:,1]
z = data[:,2]

xi = np.linspace(-1, 1)
yi = np.linspace(-1, 1)

X, Y = np.meshgrid(xi, yi)
Z = griddata(x, y, z, xi, yi, interp='linear')

surf = ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=5, cstride=5, cmap=cm.jet,
                   linewidth=1, antialiased=True)

ax.set_zlim3d(np.min(Z), np.max(Z))

fig.colorbar(surf)

plt.show()

---

编辑 1： 我编辑了源代码以在有问题的行之前打印 xa ，输出：

[  nan   nan   nan   nan   nan   nan   nan   nan   nan   nan   nan  256.
256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.   nan   nan  256.  256.  256.
256.  256.  256.  256.  256.   nan   nan  256.  256.  256.  256.  256.
256.  256.  256.   nan   nan  256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.
256.   nan   nan  256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.   nan
nan  256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.   nan   nan  256.
256.  256.  256.  256.  256.  256.  256.   nan   nan  256.  256.  256.
256.  256.  256.  256.  256.   nan   nan   nan   nan   nan   nan   nan
nan   nan   nan   nan]

所以我这里显然有一些 NaN 值，但我不确定它们来自哪里。

Answer 1

问题是griddata 无法为网格的边缘生成数据。这是通过屏蔽输出数组在内部规避的。但是，对于掩码数组，无法进行比较xa < 0，这是确定颜色所需的。

这里的解决方案是从绘图中排除边缘。

ax.plot_surface(X[1:-1,1:-1], Y[1:-1,1:-1], Z[1:-1,1:-1])

完整示例：

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from matplotlib import cm
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.mlab import griddata
import numpy as np

fig = plt.figure()
ax = fig.gca(projection='3d')

data = np.genfromtxt('plot.txt')
x = data[:,0]
y = data[:,1]
z = data[:,2]

xi = np.linspace(-1, 1)
yi = np.linspace(-1, 1)

X, Y = np.meshgrid(xi, yi)
Z = griddata(x, y, z, xi, yi, interp='linear')

surf = ax.plot_surface(X[1:-1,1:-1], Y[1:-1,1:-1], Z[1:-1,1:-1], 
                       rstride=5, cstride=5, cmap=cm.jet,
                       linewidth=1, antialiased=True)

ax.set_zlim3d(np.min(Z), np.max(Z))

fig.colorbar(surf)

plt.show()