scipy 稀疏矩阵作为 petsc4py 的输入

Question

我似乎无法找到一种方法来有效地加载 scipy 稀疏矩阵，例如csr_matrix，放入 petsc4py 矩阵，例如PETSc.Mat().createAIJ。我找到了this thread，但我无法应用它。

我也很感激这些东西实际记录在哪里的指针。 demo目录下的例子只解释了一部分，看不到任何文档字符串。

Answer 1

您的链接说要在 PETSc 中创建稀疏矩阵，您应该使用如下命令：

PETSc.Mat().createAIJ(size=(nrows,ncols), csr=(ai,aj,aa))

根据this，ai、aj 和 aa 在 PETSc 中是：

> i - row indices
> j - column indices
> a - matrix values

它们分别等效于scypy.sparse.csr_matrix 的.indptr、.indices 和.data 属性，有关详细信息，请参阅docs。

因此，如果您的链接正确，则以下内容应该有效：

>>> from petsc4py import PETSc
>>> import scipy.sparse
>>> csr_mat = scipy.sparse.rand(1000, 1000, density=0.001, format='csr')
>>> petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=csr_mat.shape,
...                                   csr=(csr_mat.indptr, csr_mat.indices,
...                                        csr_mat.data))

很遗憾，我自己无法测试。