【问题标题】：Calculate descriptors with RDkit使用 RDkit 计算描述符
【发布时间】：2020-09-30 16:18:47
【问题描述】：

我正在尝试在 python 中使用 RDkit 计算分子列表的所有描述符（2D/3D）。当我跑步时：

MolecularDescriptorCalculator.CalcDescriptors(mol, simplelist)

它返回：

AttributeError: 'Mol' object has no attribute 'simpleList'

【问题讨论】：

标签： descriptor rdkit molecule

【解决方案1】：

看起来你使用的 API 有点错误，你需要先用你需要的描述符列表初始化 MolecularDescriptorCalculator 类。

simplelist = ['TPSA']  # In the list add the names of the descriptors required
calculator = MolecularDescriptorCalculator(simplelist)
descriptors = calculator.CalcDescriptors(mol)
print(descriptors)

[Out]:
(21.259999999999998,)

【讨论】：

【解决方案2】：

要计算所有的rdkit描述符，可以使用以下代码：

descriptor_names = list(rdMolDescriptors.Properties.GetAvailableProperties())

get_descriptors = rdMolDescriptors.Properties(descriptor_names)

使用微笑字符串计算描述符

def smi_to_descriptors(smile):
    mol = Chem.MolFromSmiles(smile)
    descriptors = []
    if mol:
        descriptors = np.array(get_descriptors.ComputeProperties(mol))
    return descriptors

如果微笑在熊猫数据框中

dataset['descriptors'] = dataset.SMILES.apply(smi_to_descriptors)

【讨论】：