使用 cTAKES 解析临床文档

Question

我正在尝试弄清楚如何运行临床文档管道 来自Java。我有一组纯文本的临床文件。我想解析这些文档并提取文档 doc_ID 中的列表，有频率为 freq 的 CUI。我花了几天时间安装 cTAKES 并寻找解决方案。我将其缩小到 ClinicalPipelineWithUmls.java，在其中进行测试并使用 AnaylisisEngineDescription 运行 SimplePipeline。以下是部分代码：

String documentText = "Text of document to test goes here, such as the following. No edema, some soreness, denies pain.";
InputStream inStream = InputStreamCollectionReader.convertToByteArrayInputStream(documentText);
CollectionReader collectionReader = InputStreamCollectionReader.getCollectionReader(inStream);
AnalysisEngineDescription pipelineIncludingUmlsDictionaries = AnalysisEngineFactory.createAnalysisEngineDescription(
            "desc/analysis_engine/AggregatePlaintextUMLSProcessor");
AnalysisEngineDescription xWriter = AnalysisEngineFactory.createPrimitiveDescription(
            XWriter.class,
            XWriter.PARAM_OUTPUT_DIRECTORY_NAME,
            AssertionConst.evalOutputDir,
            XWriter.PARAM_XML_SCHEME_NAME,
            XWriter.XMI,
            XWriter.PARAM_FILE_NAMER_CLASS_NAME,
            CtakesFileNamer.class.getName());
SimplePipeline.runPipeline(collectionReader, pipelineIncludingUmlsDictionaries, xWriter);
System.out.println("Done at " + new Date());

问题是找不到“InputStreamCollectionReader”。我搜索了它，但到目前为止没有成功！请您给我一个提示或指示一些方向吗？ 感谢您的帮助！

Answer 1

您有什么特别的原因要使用InputStreamCollectionReader吗？否则，有如何使用TextReader的例子here。

Answer 2

我们为 cTAKES 实现了一个 REST 服务，使我们能够将临床文本作为请求发送，并将分析的输出作为 JSON 响应返回。

您可以查看以下github repo 中的 cTAKES REST 模块。我觉得这应该是对网络访问感兴趣的 cTAKES 用户的方式。