【问题标题】:how is spacy-io using multi threading without GIL?spacy-io 如何在没有 GIL 的情况下使用多线程?
【发布时间】:2016-05-05 10:11:34
【问题描述】:

请参考this postMulti-Threaded NLP with Spacy pipe,其中谈到了这一点,

这里 来自https://spacy.io/

from spacy.attrs import *
# All strings mapped to integers, for easy export to numpy
np_array = doc.to_array([LOWER, POS, ENT_TYPE, IS_ALPHA])

from reddit_corpus import RedditComments
reddit = RedditComments('/path/to/reddit/corpus')
# Parse a stream of documents, with multi-threading (no GIL!)
# Processes over 100,000 tokens per second.
for doc in nlp.pipe(reddit.texts, batch_size=10000, n_threads=4):
    # Multi-word expressions, such as names, dates etc
    # can be merged into single tokens
    for ent in doc.ents:
        ent.merge(ent.root.tag_, ent.text, ent.ent_type_)
    # Efficient, lossless serialization --- all annotations
    # saved, same size as uncompressed text
    byte_string = doc.to_bytes()

【问题讨论】:

    标签: python multithreading gil spacy


    【解决方案1】:

    我需要为此写一篇适当的博客文章。 tl;dr 是 spaCy 是在 Cython 中实现的,Cython 是一种类似 Python 的语言,可以转换为 C 或 C++,并最终生成 Python 扩展。您可以在此处阅读有关使用 Cython 发布 GIL 的更多信息:

    http://docs.cython.org/src/userguide/parallelism.html

    这是spaCy中.pipe方法的实现:

    https://github.com/spacy-io/spaCy/blob/master/spacy/syntax/parser.pyx#L135

    def pipe(self, stream, int batch_size=1000, int n_threads=2):
        cdef Pool mem = Pool()
        cdef TokenC** doc_ptr = <TokenC**>mem.alloc(batch_size, sizeof(TokenC*))
        cdef int* lengths = <int*>mem.alloc(batch_size, sizeof(int))
        cdef Doc doc
        cdef int i
        cdef int nr_class = self.moves.n_moves
        cdef int nr_feat = self.model.nr_feat
        cdef int status
        queue = []
        for doc in stream:
            doc_ptr[len(queue)] = doc.c
            lengths[len(queue)] = doc.length
            queue.append(doc)
            if len(queue) == batch_size:
                with nogil:
                    for i in cython.parallel.prange(batch_size, num_threads=n_threads):
                        status = self.parseC(doc_ptr[i], lengths[i], nr_feat, nr_class)
                        if status != 0:
                            with gil:
                                sent_str = queue[i].text
                                raise ValueError("Error parsing doc: %s" % sent_str)
                PyErr_CheckSignals()
                for doc in queue:
                    self.moves.finalize_doc(doc)
                    yield doc
                queue = []
        batch_size = len(queue)
        with nogil:
            for i in cython.parallel.prange(batch_size, num_threads=n_threads):
                status = self.parseC(doc_ptr[i], lengths[i], nr_feat, nr_class)
                if status != 0:
                    with gil:
                        sent_str = queue[i].text
                        raise ValueError("Error parsing doc: %s" % sent_str)
        PyErr_CheckSignals()
        for doc in queue:
            self.moves.finalize_doc(doc)
            yield doc
    

    多线程的实际机制非常简单,因为 NLP(通常)是令人尴尬的并行 --- 每个文档都是独立解析的,所以我们只需要在文本流上进行一个 prange 循环。

    不过,以多线程方式实现解析器相当困难。要有效地使用多线程,您需要释放 GIL,而不是重新获取它。这意味着不使用 Python 对象,不引发异常等。

    当你创建一个 Python 对象——比如说一个列表——你需要增加它的引用计数,它是全局存储的。这意味着获得 GIL。没有办法解决这个问题。但是,如果您在 C 扩展中,并且只想将整数放入堆栈,或者调用 malloc 或 free,则不需要获取 GIL。因此,如果您在该级别编写程序,仅使用 C 和 C++ 结构,则可以释放 GIL。

    几年来,我一直在 Cython 中编写统计解析器。 (在 spaCy 之前,我有一个用于学术研究的实现。)在没有 GIL 的情况下编写整个解析循环是很困难的。到 2015 年底,我将机器学习、哈希表、外部解析循环和大部分特征提取作为 nog​​il 代码。但是状态对象有一个复杂的接口,并且被实现为一个 cdef 类。如果不获取 GIL,我无法创建此对象或将其存储在容器中。

    当我想出一种在 Cython 中编写 C++ 类的无证方法时,突破就来了。这让我可以挖空控制解析器状态的现有 cdef 类。我逐个方法代理了它到内部 C++ 类的接口。这样我可以保持代码正常工作,并确保我没有在特征计算中引入任何细微的错误。

    你可以在这里看到内部类:https://github.com/spacy-io/spaCy/blob/master/spacy/syntax/_state.pxd

    如果你浏览这个文件的 git 历史,你可以看到我实现 .pipe 方法的补丁。

    【讨论】:

      【解决方案2】:

      大概它在 C 级别而不是在 python 级别进行解析。一旦你进入 C,如果不需要访问任何 python 对象,你可以安全地释放 GIL。在最低的读写层面,CPython 也发布了 GIL。原因是,如果有其他线程在运行并且我们即将调用阻塞 C 函数,那么我们应该在函数调用期间释放 GIL。

      您可以在 CPython 的最低实现 write 中看到这一点。

          if (gil_held) {
              do {
                  Py_BEGIN_ALLOW_THREADS
                  errno = 0;
      #ifdef MS_WINDOWS
                  n = write(fd, buf, (int)count);
      #else
                  n = write(fd, buf, count);
      #endif
                  /* save/restore errno because PyErr_CheckSignals()
                   * and PyErr_SetFromErrno() can modify it */
                  err = errno;
                  Py_END_ALLOW_THREADS
              } while (n < 0 && err == EINTR &&
                      !(async_err = PyErr_CheckSignals()));
      

      【讨论】:

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