基本 paramiko exec_command 帮助

Question

我是新的 paramiko 用户，在使用 paramiko 的远程服务器上运行命令时遇到困难。我想导出一个路径并在后台运行一个名为tophat 的程序。我可以使用paramiko.sshclient() 正常登录，但我的exec_command 代码没有结果。

stdin, stdout, sterr = ssh.exec_command('export PATH=$PATH:/proj/genome/programs
/tophat-1.3.0/bin:/proj/genome/programs/cufflinks-1.0.3/bin:/proj/genome/programs/
bowtie-0.12.7:/proj/genome/programs/samtools-0.1.16')

stdin, stdout, sterr = ssh.exec_command('nohup tophat -o /output/path/directory -I 
10000 -p 8 --microexon-search -r 50 /proj/genome/programs/bowtie-0.12.7/indexes
/ce9 /input/path/1 /input/path/2 &')

没有nohup.out 文件，python 只是转到下一行，没有错误消息。我也试过不使用nohup，结果是一样的。我试图关注this paramiko tutorial。

我是否错误地使用了exec_command？

Answer 1

我也遇到了同样的问题，查看this article 和this answer 后，我看到解决方案是调用Channel 的recv_exit_status() 方法。这是我的代码：

import paramiko
import time

cli = paramiko.client.SSHClient()
cli.set_missing_host_key_policy(paramiko.client.AutoAddPolicy())
cli.connect(hostname="10.66.171.100", username="mapping")
stdin_, stdout_, stderr_ = cli.exec_command("ls -l ~")
# time.sleep(2)    # Previously, I had to sleep for some time.
stdout_.channel.recv_exit_status()
lines = stdout_.readlines()
for line in lines:
    print line

cli.close()

现在我的代码将被阻止，直到远程命令完成。这个方法在here有解释，请注意警告。

Answer 2

exec_command() 是非阻塞的，它只是将命令发送到服务器，然后 Python 将运行以下代码。

我认为你应该等待命令执行结束，然后再做剩下的工作。

“time.sleep(10)”可以帮助需要“导入时间”。 一些例子表明你可以从stdout ChannelFile 对象中读取，或者简单地使用stdout.readlines()，它似乎读取了来自服务器的所有响应，猜猜这可能帮助。

您的代码，上面两行 exec_command，它们实际上是在不同的 exec 会话中运行。我不确定这对您的情况是否有影响。

我建议你看看 demos 文件夹中的演示，它们使用 Channel 类，它有更好的 API 来为 shell 和 exec 进行阻塞/非阻塞发送。

Answer 3

您最好在运行命令之前加载 bash_profile。否则，您可能会收到“找不到命令”异常。

例如，我写了command = 'mysqldump -uu -pp -h1.1.1.1 -P999 table > table.sql'这个命令，目的是为了转储一个Mysql表

然后我必须在转储命令之前手动加载 bash_profile，方法是键入 . ~/.profile; .~/.bash_profile;。

示例

my_command  = 'mysqldump -uu -pp -h1.1.1.1 -P999 table > table.sql;'

pre_command = """
. ~/.profile;
. ~/.bash_profile;
"""

command = pre_command + my_command

stdin, stdout, stderr = ssh.exec_command(command)