bash解压缩gz并存储在变量中

Question

我需要解压缩一个 .gz 文件并将其存储在一个变量中，以便以后使用。所以，我的想法是我生成 *.fastq.gz 文件，我需要解压缩它们并只保留 *.fastq 文件。然后，我想将其名称存储在一个变量中，以便调用该文件进行进一步处理。

这里是我正在执行的代码： 输入：$file.fastq.gz 其中 $file 是文件名（它会改变，因为这段代码在循环中）

reads=$(gunzip $file.fastq)
echo $reads

有人知道这段代码有什么问题吗？为什么它不产生任何输出并且程序停留在那个点？非常感谢你！ ;)

Answer 1

如果输入文件是$file.fastq.gz，则生成的输出文件就是删除了.gz 扩展名的那个文件。

gunzip "$file.fastq.gz" & gunzip_pid=$!
reads="$file.fastq"
# Do some more work that doesn't depend on the contents of $file.fastq
# ...
wait $gunzip_pid || { echo "Problem with gunzip"; exit; }
# Do something with the now-complete $file.fastq here

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（对被误解的问题的原始答案，保存为有用的非追问者。）

您需要告诉gunzip 将未压缩的流写入标准输出，而不是就地解压缩文件。

reads=$(gunzip -c "$file.fastq.gz") || { echo "Problem with gunzip; exit; }
echo "$reads"

Answer 2

使用zcat：

 reads=$(zcat $file.fastq)

Answer 3

1) reads=$(gunzip $file.fastq)

2) echo $reads - 您不能将未压缩文件存储在变量中.. 所以您不能期望变量 reads 具有未压缩文件的名称。

你应该使用

gunzip $file.fastq.gz
if [[ $? -eq 0 ]]
then 
    reads="$file.fastq"
fi

或者查尔斯建议的更短的语法

if gunzip $file.fastq.gz
then 
    reads="$file.fastq"
fi