【问题标题】:line access after importing a file in python在python中导入文件后的行访问
【发布时间】:2017-06-16 05:50:59
【问题描述】:

我是 python 新手,我已经加载了两个包含基因表达计数的文件。现在,我想检查样本集中每个基因的表达计数是否与其在参考集中的代表相似。为此,我使用了一个 for 循环。我需要 for 循环的语法,我可以在其中查找示例和参考文件中的特定行。

例如,我的文件如下所示:

gene_name    expression count

actin              2.3

tubulin           -0.08

请给我 for 循环的语法,这将帮助我从参考文件中访问微管蛋白,然后我可以使用 if 语句检查微管蛋白的样本值是否与参考中的相同。

这是我目前使用的:

sample = open("s1_gene_list.txt","r") 
ref = open("ref_gene_list.txt","r") 
my_list=[x for x in range(ref.tubulin-5,ref.tubulin+5,1)]

【问题讨论】:

  • 如果您无法节省试用费用,请坚持使用 Excel 匹配和索引。
  • 你现在有什么代码?
  • mwil.e,这是我目前正在使用的。该列表定义了 ref.tubulin,这是我要检查参考微管蛋白计数的地方,给它一个灵活的 -5 到 +5 范围,并在此范围内查找样本微管蛋白。 sample = open("s1_gene_list.txt","r")ref = open("ref_gene_list.txt","r")my_list=[x for x in range(ref.tubulin-5,ref.tubulin+5,1)]谢谢

标签: python for-loop file-access


【解决方案1】:

我认为您将不得不使用嵌套循环,一种用于读取列表中的元素,另一种用于检查同一示例文件中的其他列表。

【讨论】:

  • 你能给我一个语法吗?
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