从命令行运行斐济 jython 脚本答案

【问题标题】：running fiji jython script from command line从命令行运行斐济 jython 脚本
【发布时间】：2014-02-08 08:28:44
【问题描述】：

我正在使用斐济进行医学成像。我编写了一个 jython 脚本，并希望在 Windows 7 中从命令提示符运行相同的脚本。我尝试了不同的方法来运行脚本，但无法这样做。有人请帮忙在达到预期目标的过程中。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

有两种方法可以使用 Fiji 运行脚本。

打开控制台并将工作目录更改为 Fiji 文件夹。此文件夹应包含 ImageJ 二进制文件（例如 ImageJ-win64.exe）、jar、插件等。运行类似

cd c:\Fiji.app

运行 ImageJ。 ImageJ-win64.exe - 在我的发行版中只是二进制名称。可能会有所不同。

ImageJ-win64.exe --headless --jython my_script.py

您也可以在那里阅读斐济帮助，只需运行ImageJ-win64.exe --help

将 Fiji 文件夹 (c:\Fiji.app) 添加到 PATH variable 并从任何目录运行脚本。

【讨论】：

我正在运行一个使用 ij 和 loci（生物格式）等导入的脚本，“正确方式”是否仍然有效？编译器是否在斐济应用程序中找到 jar 文件？我之所以问，是因为我实际上可以从任何地方在 jython 中运行我的脚本，但是找不到这些 jar 文件，因为它们可能在某个地方的 Fiji.app 中。

【解决方案2】：

请参阅斐济 wiki 上的 Running scripts in headless mode。

如果您仍然有问题，请提供更多信息，说明您尝试过的方法和问题所在；详情请见How do I ask a good question?。

【讨论】：