在没有 X11 的情况下使用 Cairo 支持编译 R答案

【问题标题】：Compile R with Cairo support without X11在没有 X11 的情况下使用 Cairo 支持编译 R
【发布时间】：2014-10-08 18:31:13
【问题描述】：

我正在尝试从启用 cairo 支持的源代码编译 R 3.1.1。我想要这个是因为我试图在没有图形环境（因此没有 X11）但仍输出 PNG 的服务器上运行 R。

我尝试使用 R 配置

./configure --with-x=no --with-cairo=yes --with-libpng=yes --enable-R-shlib --prefix=$HOME

这样做会生成一个不支持 png 或 cairo 的 R 二进制文件（capabilities() 证明了这一点）。在config.log中，有以下内容。

configure:31563: checking for X 
configure:31749: result: disabled
configure:32420: result: using X11 ... no
configure:32530: checking whether pkg-config knows about cairo and pango 
configure:32542: result: yes
configure:32576: checking whether cairo including pango is >= 1.2 and works 
configure:32599: gcc -std=gnu99 -o conftest -g -O2 -fpic  -I/usr/local/include  -pthread -I/home/rmccloskey/include/pango-1.0 -I/home/rmccloskey/include/cairo -I/home/rmccl
oskey/include/glib-2.0 -I/home/rmccloskey/lib/glib-2.0/include -I/home/rmccloskey/include/pixman-1 -I/usr/include/freetype2 -I/home/rmccloskey/include/freetype2 -I/home/rmc
closkey/include/libpng16   -L/usr/local/lib64 conftest.c -lrt -ldl -lm  -L/home/rmccloskey/lib -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpng16 -lz -lcairo   >
&5
conftest.c:232:24: fatal error: cairo-xlib.h: No such file or directory
 #include <cairo-xlib.h>
                        ^     
compilation terminated.

如您所见，configure 知道 cairo 和 pango，它也知道我没有使用 X11。但它仍然尝试编译需要cairo-xlib.h 的文件？我可以在这里做什么？

【问题讨论】：

标签： r installation cairo

【解决方案1】：

我已经能够在 CentOS-6.5 和 R-3.1.2 上完成这项工作。我必须先 yum 安装 cairo 和 pango。这是我的配置命令：

./configure --with-recommended-packages=no --without-x --with-cairo --with-libpng --with-libtiff --with-jpeglib --enable-R-shlib

【讨论】：

【解决方案2】：

我确实有一些问题。我通过使用下面非常hackish的方式解决了这个问题。

在 R.x.y.z src 目录中，编辑配置文件。有一行：

#include <cairo-xlib.h>

我只是删除了这一行。然后运行这个文件并制作。一切都对我有用。我的 cairo 是在不支持 x11 的情况下编译的。因为我在一个共享的 RHEL6 盒子上。我做任何事情都没有根。我这样做的目的是让 R 与 Jupyter notebook 一起工作。除此之外，我还需要在$HOME/.Rprofile 中添加options(bitmapType='cairo')。这个Link 很有帮助。

通过所有这些技巧，现在一切都对我有用。 :)

【讨论】：

【解决方案3】：

在最狭义的意义上，Cairo 似乎需要 x11 标头。

在更广泛的意义上，查看详细说明xvfb 虚拟 x11 服务器使用的各种答案——它们允许您无头使用。

此外，您可以尝试在不使用 x11、png、cairo 的情况下进行构建——然后使用 CRAN 提供的两个 cairo 包之一来创建图形。在 Debian/Ubuntu 中，我们至少还为您预构建了 cairoDevice 软件包。

【讨论】：

Cairo 不需要 X11 标头。我成功地构建了没有 X11 标头的 Cairo。问题在于，出于某种原因，R 要求 Cairo 必须使用 Xlib 支持构建，尽管要配置 --with-x=no 标志。
向我抱怨这件事毫无意义。如果您认为世界需要这个，请准备一个补丁并将其发送到 R Core——否则可能存在对 x11 字体指标或类似内容的剩余依赖。我向您展示了即使在无头机器上工作时也可以创建图表的几种方法，因此我认为整点主要没有实际意义。但是您的里程当然可能会有所不同。
谢谢。我道歉，我不是在抱怨，而是我认为你误解了我的问题。不幸的是，我正在运行其他人的代码，因此无法选择其他软件包。我想我会调查 xvfb，谢谢。
不用担心，是的，xvfb 应该可以帮助您。我想这些年来我也在这里回答了一些关于它的问题，例如this old one。你想把你的脚本包装在xvfb-run中。