安装 R 包时，需要时自动重新安装依赖项

Question

utils::install.packages 似乎完全能够安装缺少的依赖项。但是，如果由于某种原因（例如，在尝试安装 DiagrammeR、Error: package ‘igraph’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version 时）已经安装了一个依赖项，但没有正确的版本，那么原来的 install.packages 调用就会停在那里。然后我必须去手动重新安装每个有问题的依赖项。如何实现自动化？

我在 Linux 上运行 R 3.6.1。

Answer 1

似乎没有办法在install.packages() 中强制执行此操作。相反，您可以使用pak::pkg_install()。来自pak::pkg_install()“升级”参数：

upgrade 
Whether to upgrade already installed packages to the latest available version. If this is 
FALSE, then only packages that need updates to satisfy version requirements, will be 
updated. If it is TRUE, all specified or dependent packages will be updated to the latest 
available version.

编辑：更仔细地阅读您的问题，听起来您可能正在使用 3.5 和 3.6 的包库。如果是这种情况，我建议在版本之间升级时使用 R 包installr。它可以自动重新安装您在以前版本中拥有的所有软件包。

Edit2：下面的代码将向您展示基于先前版本构建的代码。我会为这些包运行install.packages(built_on_earlier_version, force = TRUE)。

installed_packages <- as.data.frame(installed.packages())

installed_packages[as.package_version(installed_packages$Built) < as.package_version("3.6.0"),]

Answer 2

这种方法很粗糙（特别是因为它会很高兴地多次重新下载一个包），但这是我迄今为止想出的最好的方法：

install.rec = function(pkg, repos = 'http://archive.linux.duke.edu/cran')
# Install a package and reinstall any dependencies that need
# to be reinstalled, recursively.
   {while (T)
       {message("INSTALLING: ", pkg)
        out = paste0(collapse = " ",
            system2("Rscript", stdout = T, stderr = T, sprintf(
                "--no-init-file -e \"install.packages('%s', repos='%s')\"",
                pkg, repos)))
        p = regmatches(out, regexec(text = out, perl = T,
            "package ‘(\\S+)’ was installed (?:before R|by an R version)"))[[1]]
        if (length(p))
           {p = p[2]
            message("START RECURSING: ", pkg, " - ", p)
            install.rec(p, repos)
            message("END RECURSING: ", pkg, " - ", p)}
        else
            break}
   message("DONE WITH: ", pkg)}

install.packages 不会引发条件，也不会返回错误，也不会以capture.output 可捕获的方式产生输出，因此我们必须使用系统调用来查看错误消息。创意来自here。