在 R 3.0.2 中安装 gplots、gdata 和 gtools 的循环依赖项答案

【问题标题】：Cyclical dependencies installing gplots, gdata and gtools in R 3.0.2在 R 3.0.2 中安装 gplots、gdata 和 gtools 的循环依赖项
【发布时间】：2014-01-13 10:20:43
【问题描述】：

我正在运行 R 3.0.2 并尝试在 Mac OSX 10.9、CentOS 6.4 和 5.4 上安装 gplots。但它在所有平台上都失败了。主要原因应该是gdata需要gtools，而gtools需要gdata。

因此，如果有人尝试单独安装 gtools 或 gdata，它会阻止您

> install.packages("gtools")
also installing the dependency ‘gdata’
...
ERROR: dependency ‘gtools’ is not available for package ‘gdata’
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gtools’

但是，基于CRAN package info，依赖树应该是

gplots --> gdata --> gtools
A --> B: A depends on B

那么是否有任何解决方法或者是否应该向上游报告？

编辑：

我设法通过修改gtools的源代码来安装它们：

> download.packages("gtools", destdir=".")  # currently 3.2.0

解压它（tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz）然后删除文件DESCRIPTION中的行

# in gtools/DESCRIPTION
Imports: gdata  # <-- remove this line

然后在本地安装gtools

> install.packages("gtools", repos=NULL)
...
file ‘DESCRIPTION’ has the wrong MD5 checksum
...

它应该被成功安装，从而解决了循环依赖。一个人可以完成所有其余的工作

> install.packages("gplots")

这个解决方案最初是由 Wush Wu 给出的。

【问题讨论】：

你好像搞错了。 gtools 不依赖于任何东西。
它不应该依赖于gdata，但目前这个依赖在它的DESCRIPTION中。
如果有人可以重现此问题，请向gtools 的维护者提交错误报告。我不能，在 R 3.0.2、Win64、gtools3.2.0

标签： linux r macos installation gplots

【解决方案1】：

我是 gtools 的维护者。

在 gtools 3.2.0 中确实存在循环依赖，我在星期六将其推送到 CRAN。

CRAN 已将 gtools 回滚到 3.1.1（出现问题之前），我刚刚将 gtools 3.2.1 提交给 CRAN（解决了问题）。

-格雷格

【讨论】：

更新：gtools 3.2.1 现在可在 CRAN 上使用。