Conda 无法安装 VEP答案

【问题标题】：Conda fails to install VEPConda 无法安装 VEP
【发布时间】：2021-12-12 17:49:28
【问题描述】：

我正在尝试在 conda 环境中安装 VEP，但一直失败。我已经尝试过正常的安装过程：

conda install -c bioconda ensembl-vep

但会出现以下错误，这些错误运行了大约一个小时并最终失败：

$ conda install -c bioconda ensembl-vep
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: | ^[failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: -

我也尝试过创建新环境并安装，但仍然失败。

conda create -n ensembl-vep -c conda-forge -c ensembl-vep

还有什么想法吗？？

【问题讨论】：

什么操作系统？ Bioconda 不支持 Windows，Mamba 报告缺少 osx-64 的 t_coffee 依赖项。基本上，这似乎只能在 linux-64 平台上运行。

标签： installation conda

【解决方案1】：

以下 YAML 适用于 linux-64 和 osx-64 平台：

vep.yaml

name: vep
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
  - etetoolkit  # this provides a t_coffee build for osx
dependencies:
  - ensembl-vep

环境状况：

但是，对于 osx-64，我发现 channel_priority 必须设置为 flexible，否则 Conda Forge 会屏蔽一些必须来自 Bioconda 频道的必需包。

CONDA_CHANNEL_PRIORITY=flexible mamba env create -n vep -f vep.yaml

【讨论】：