try 或 tryCatch 与引导 R答案

【问题标题】：try or tryCatch with boot Rtry 或 tryCatch 与引导 R
【发布时间】：2013-06-06 16:20:51
【问题描述】：

我正在使用boot 引导优化函数以估计标准误差。不幸的是，在极少数情况下，优化函数会返回一个错误，从而停止 boot 函数。该错误对估计并不重要，我想跳过该迭代并继续下一个。

我尝试使用try 和tryCatch 找到解决方案，但都无法正确使用。在statistic中包装优化功能时，我设法跳过了错误。但是，这会导致 boot 内的估计次数少于初始迭代次数并返回错误。

下面是我的代码的基本示例

任何帮助表示赞赏，谢谢

bootfun = function(bootdata, i, d, C1) {
    C1 = cov (bootdata[i])
    ans =  constrOptim(...) #This function returns an error
    return(ans$par [d])
}
bootres = boot(bootdata, statistic = bootfun, 500)

编辑：我设法找到了一个可接受的解决方案来解决我的问题。但是，如果一个函数经常出错，这可能是不可接受的，因为每个错误都会用 NA 替换引导复制。

bootfun = function(bootdata, i, d, C1) {
C1 = cov(bootresid[i])
tryCatch({
ans =  constrOptim(...)
return(ans$par[1:18] [d])  }, 
error=function(err) {rep(NA,18)} )
}

【问题讨论】：

当try 或tryCatch 出错时，您希望函数的返回值是多少？
@Thomas 我以前让它返回一条错误消息。让它返回 NA 是否合适？据我了解，启动需要一些东西来代替错误。
您能否包含一些重现您的错误的示例数据？
错误来自引导，简单运行constrOptim时没有错误。由于C1 是一个协方差矩阵，如果复制的数据就是这样，它可能包含 NA。然后将其传递给constrOptim，当我使用 C1 中的值作为初始参数时，它会返回错误。另外，我尝试让tryCatch 从constrOptim 返回 NA，但引导不接受这个。
根据您更新的问题，目前尚不清楚您更喜欢什么解决方案。您对 tryCatch 的使用是正确的，但如果您不喜欢返回值，您可以简单地指定其他内容，而不是 NAs 的向量。

标签： r try-catch

【解决方案1】：

这不是针对您的特定代码的答案，而是针对您描述的情况的tryCatch 的更一般的演示。如果您只想删除导致错误的条目，请让函数在错误时不返回任何内容，然后从结果中删除 NULL 值：

testfun <- function(i) {
tryCatch({
d <- rbinom(1,1,.3) # generate an error 30% of the time
if(d==1)
    error("test stop")
else
    return(1:10) # return your actual values
}, 
error = function(err) {return()} # return NULL on error
    )
}

x <- sapply(1:20, FUN=testfun) # run demo 20 times
x <- x[-(which(sapply(x,is.null),arr.ind=TRUE))]
# when errors happen, x is shorter than 20

最后一行从列表中删除 NULL 条目（基于此：https://stackoverflow.com/a/3336726/2338862）。

【讨论】：