Google Colab 上的 PyTorch Geometric CUDA 安装问题

Question

我正在使用 Google Colab 开发一个 PyTorch Geometric 项目以支持 CUDA。由于默认情况下它的库不存在，我运行：

!pip install --upgrade torch-scatter
!pip install --upgrade torch-sparse
!pip install --upgrade torch-cluster
!pip install --upgrade torch-spline-conv 
!pip install torch-geometric

最近在导入torch_geometric时，由于版本升级，出现CUDA版本不匹配的提示：

RuntimeError: 检测到 PyTorch 和 torch_sparse 是用不同的 CUDA 版本编译的。 PyTorch 的 CUDA 版本为 10.1，torch_sparse 的 CUDA 版本为 10.0。请重新安装与您的 PyTorch 安装相匹配的 torch_sparse。

为了解决这个问题，我尝试将 conda 用于特定的 CUDA 版本：

!conda install pytorch==1.4.0 cudatoolkit=10.0 -c pytorch

然而，在运行 print(torch.version.cuda) 时，我得到 10.1 作为输出，而不是我想要的 10.0。

这是一个最近的错误，因为它在过去一周没有抛出这个问题。有解决此问题的最佳实践吗？

Answer 1

你可以在pytorch几何官网找到示例colab notebooks https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/notes/colabs.html

这是我在同一个网站上使用的。它正在发布日期。

!pip install -q torch-scatter -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.10.0+cu113.html
!pip install -q torch-sparse -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.10.0+cu113.html
!pip install -q git+https://github.com/pyg-team/pytorch_geometric.git

Answer 2

根据我的分析，torch 几何对 cuda 11 和 pytorch 1.7.0 给出错误

请安装pytorch 1.6和amd cuda 10.2并在下面执行

pip install torch-scatter -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0+cu102.html
pip install torch-sparse -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0+cu102.html
pip install torch-cluster -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0+cu102.html
pip install torch-spline-conv -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0+cu102.html
pip install torch-geometric

Answer 3

这是我在 co-lab 中用于安装 PyTorch 几何相关依赖项的最新代码命令。

import torch

def format_pytorch_version(version):
  return version.split('+')[0]

TORCH_version = torch.__version__
TORCH = format_pytorch_version(TORCH_version)

def format_cuda_version(version):
  return 'cu' + version.replace('.', '')

CUDA_version = torch.version.cuda
CUDA = format_cuda_version(CUDA_version)

!pip install torch-scatter     -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-{TORCH}+{CUDA}.html
!pip install torch-sparse      -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-{TORCH}+{CUDA}.html
!pip install torch-cluster     -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-{TORCH}+{CUDA}.html
!pip install torch-spline-conv -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-{TORCH}+{CUDA}.html
!pip install torch-geometric 

Answer 4

来自their website

试试这个

!pip install torch-geometric \
  torch-sparse==latest+cu101 \
  torch-scatter==latest+cu101 \
  torch-cluster==latest+cu101 \
  -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.4.0.html

Answer 5

您可能想尝试以下方法，看看这是否解决了“pytorch-geometric”中的 CUDA 版本控制错误问题：

1. apt-get --purge remove "cublas" "cuda*"
2. 重启
3. sudo curl -O http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/cuda-repo-ubuntu1804_10.0.130-1_amd64.deb
4. sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu1804_10.0.130-1_amd64.deb sudo apt-key adv --fetch-keys http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/7fa2af80.pub
5. sudo apt-get install cuda-10-1
6. python -c“导入火炬；打印（火炬.version.cuda）”

   10.1

7. nvcc --version

   Cuda 编译工具，版本 10.1，V10.1.243

Answer 6

问题可以通过评论解决：

!pip install torch-scatter==latest+cu101 torch-sparse==latest+cu101 -f https://s3.eu-central-1.amazonaws.com/pytorch-geometric.com/whl/torch-1.4.0.html

我们还有其他解决方案吗？