Caffe 编译时没有看到 hdf5.h答案

【问题标题】：Caffe didn't see hdf5.h when compilingCaffe 编译时没有看到 hdf5.h
【发布时间】：2016-08-28 16:43:52
【问题描述】：

在 Python 上安装 Caffe 深度学习框架时遇到问题：

当我在 caffe 目录运行make 命令时，它会说

hdf5.h:没有那个目录

我做过的步骤：

更新和升级我的 Ubuntu 服务器
安装 Python 2.7
所有依赖都基于http://caffe.berkeleyvision.org/install_apt.html
运行 cp cp Makefile.config.example Makefile.config
在 Makefile.config 中取消注释 cpu_only = 1

如果有人可以帮助我，我将不胜感激。

错误信息：

CXX src/caffe/util/hdf5.cpp
in file include from src/caffe/util/hdf5.cpp:1:0:
./include/caffe/util/hdf5.hpp:6:18: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
compilation terminated 

Makefile:572 recipe for target '.build_release/src/caffe/util/hdf5.o'       
failed Make:*** [.build_release/src/caffe/util/hdf5.o] Error 1

【问题讨论】：

欢迎来到 SO。请不要发布屏幕截图，而是将错误消息复制粘贴（并格式化）到您的问题：这样搜索引擎将来可以更好地找到此线程。
你安装hdf5了吗？看caffe.berkeleyvision.org/install_apt.html：sudo apt-get install libhdf5-serial-dev
抱歉，我是新人，我会更改屏幕截图。谢谢你通知我。是的，我已经安装了 hdf5。
您的系统上是否有hdf5.h？尝试使用locate hdf5.h 之类的命令找出它的位置，然后在此处发布。
嗨，我尝试按照您在我的 ubuntu 终端中的建议写 locate hdf5.h，但没有任何反应。所以，我运行另一个评论find ~/ -type f -name "hdf5.h" 结果是/home/kelvin/opencv-3.1.0/modules/flann/include/opencv2/flann/hdf5.h。谢谢

标签： python deep-learning caffe

【解决方案1】：

它在 Ubuntu16.04 LTS 上对我不起作用。

所以我不得不

sudo apt-get install libhdf5-10
sudo apt-get install libhdf5-serial-dev
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install libhdf5-cpp-11
find /usr -iname "*hdf5.h*"
/usr/include/hdf5/serial/hdf5.h

现在做这个

export CPATH="/usr/include/hdf5/serial/"

【讨论】：

【解决方案2】：

在 RHEL7 上，我厌倦了寻找特定的 hdf5 RPM 并运行：

sudo yum install *hdf5*

这些是我所拥有的：

hdf5-openmpi3-static-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi-static-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi3-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi3-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-mpich-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-mpich-static-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-mpich-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi-1.8.12-11.el7.x86_64

感谢@loretoparisi，我能够找出丢失的头文件在哪里，问题就消失了。

$ find /usr -iname "*hdf5.h*"
/usr/include/openmpi-x86_64/hdf5.h
/usr/include/hdf5.h
/usr/include/mpich-x86_64/hdf5.h
/usr/include/openmpi3-x86_64/hdf5.h

【讨论】：

【解决方案3】：

此解决方案在 Ubuntu16.04LTS 上对我有用

sudo apt-get install libhdf5-10
sudo apt-get install libhdf5-serial-dev
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install libhdf5-cpp-11
find /usr -iname "*hdf5.h*"
/usr/include/hdf5/serial/hdf5.h
export CPATH="/usr/include/hdf5/serial/"

【讨论】：

也为我工作！
为我工作了三个！
只是 sudo apt-get install libhdf5-10 libhdf5-serial-dev 为我工作

【解决方案4】：

我经历过的另一个案例：

我使用的是 Ubuntu 14.04 并安装 hdf5-1.10.0。

我发现hdf5.h 位于/usr/local/hdf5/include。因此，我修改了Makefile.config 文件，将该位置添加到INCLUDE_DIRS。

# Whatever else you find you need goes here.
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include \
                    /usr/local/hdf5/include

我没有重命名Makefile 中的任何内容。效果很好。

【讨论】：

【解决方案5】：

您的 Ubuntu 安装版本是什么？尝试这个。在您的Makefile.config 中尝试将/usr/include/hdf5/serial/ 附加到INCLUDE_DIRS：

--- INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include
+++ INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial/

并在Makefile 中将hdf5_hl 和hdf5 重命名为hdf5_serial_hl 和hdf5_serial：

--- LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_hl hdf5
+++ LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_serial_hl hdf5_serial

更多关于错误修复here。

【讨论】：

对不起，我的回复晚了，谢谢你的帮助我已经通过将我的 hdf5 移动到目录来解决问题。
谢谢。这节省了我的时间！
这是对我有用的解决方案！非常感谢！
这个答案确实是最好的解决方案（即，而不是移动 hdf5 目录。）@kelvin：你能把这个答案标记为正确吗？
我刚刚添加了 'LIBRARIES += ' 字符串。我没有，它似乎工作。