sklearn：从点到最近的集群获取距离答案

【问题标题】：sklearn: Get Distance from Point to Nearest Clustersklearn：从点到最近的集群获取距离
【发布时间】：2017-10-17 21:21:18
【问题描述】：

我正在使用像 DBSCAN 这样的聚类算法。

它返回一个名为-1 的“集群”，它们是不属于任何集群的点。对于这些点，我想确定从它到最近集群的距离，以获得类似于该点异常程度的指标。这可能吗？或者这种指标有什么替代品吗？

【问题讨论】：

你想如何测量到集群的距离？有很多选择：单链接表示到集群的距离是到其最近成员的距离。完整的链接表示它是到最远成员的距离。有平均的联系，沃德的联系……你要干什么？
我的第一个直觉是single linkage 听起来是一个很好的指标，这也是我的想法。但很高兴知道有不同的指标，谢谢。
如果我理解正确，您想确定噪声点到集群最近点的距离（因为您使用单链接）对吗？如果是这样，您可以通过sklearn.metrics.pairwise.euclidean_distances 计算噪声点和聚类点之间的欧几里得距离。欧几里得距离应该很好用，因为它也是 DBSCAN 中最常用的距离度量。

标签： python machine-learning scikit-learn cluster-analysis data-mining

【解决方案1】：

答案将取决于您选择的联动策略。我举个单联的例子。

首先，您可以构建数据的距离矩阵。

from sklearn.metrics.pairwise import pairwise_distances
dist_matrix = pairwise_distances(X)

然后，您将提取最近的集群：

for point in unclustered_points:
    distances = []
    for cluster in clusters:
        distance = dist_matrix[point, cluster].min()  # Single linkage
        distances.append(distance)
    print("The cluster for {} is {}".format(point, cluster)

编辑：这有效，但正如 Anony-Mousse 所指出的，它是 O(n^2)。考虑核心点是一个更好的主意，因为它会减少你的工作量。此外，它有点类似于质心联动。

【讨论】：

这很慢，因为它计算了许多不需要的距离。此外，它使用 O(n²) 内存，不适用于更大的数据集。

【解决方案2】：

为了更接近 DBSCAN 的直觉，您可能应该只考虑 core 点。

将核心点放入最近邻搜索器。然后搜索所有噪声点，使用最近点的聚类标签。

【讨论】：