哪个 SciPy 稀疏矩阵类最适合计算距离矩阵？答案

【问题标题】：Which SciPy sparse matrix class is best to compute a distance matrix?哪个 SciPy 稀疏矩阵类最适合计算距离矩阵？
【发布时间】：2015-01-29 21:25:02
【问题描述】：

我有一个相对较大的 NumPy 数组（近 300k 行和 20 多列，尽管大多数值为 0），我需要使用 scikit-learn 的 pairwise_distances 函数为其计算距离矩阵。

不幸的是，除非我将输入数组转换为稀疏矩阵，否则此过程会出现内存错误。 SciPy 提供了许多sparse matrix classes，我不知道哪一个最适合这种特殊情况。

我找到了一个支持 CSR 或 CSC 的 SO answer，但我不清楚哪个最适合计算距离矩阵。欢迎提出任何建议！

【问题讨论】：

距离矩阵不是稀疏的。好吧，我想如果你有很多重复点，它可能是稀疏的，但这种情况很少发生。
输入数组，而不是距离矩阵，是我要转换为稀疏矩阵的数组。
啊，我明白了。但即便如此，得到的距离矩阵将有 n 选择 2 个条目，这（对于 n=300,000）肯定不适合内存。因此，我认为将输入数组转换为稀疏数组并没有多大帮助。
如果你想计算成对距离上的统计数据，将整个数组保存在内存中可能没有意义。你用这个矩阵做什么？
距离矩阵将作为 scikit-learn 的 silhouette_score 函数的输入，该函数评估聚类解决方案。我预先计算了距离矩阵，因为pairwise_distances 可以并行化，而在后台计算距离矩阵的silhouette_score 不能。

【解决方案1】：

CSR 按行排序，CSC 按列排序。因此，使用 CSR 访问行会更快，使用 CSC 访问列会更快。由于sklearn.metrics.pairwise.pairwise_distances 使用 X 作为输入，其中行是实例，列是属性，它将访问稀疏矩阵中的行。因此，使用 CSR 可能更有效。

【讨论】：