输出中具有周期性边界条件和对距离的 KDTree答案

【问题标题】：KDTree with periodic boundary conditions and pair distances in output输出中具有周期性边界条件和对距离的 KDTree
【发布时间】：2019-12-20 22:15:51
【问题描述】：

我想对周期框内 >10k 个点进行最近邻搜索，并返回这些点的距离及其索引。

到目前为止，我尝试了sklearn.neighbors.KDTree(positions).query_radius(positions, r=maximum_distance,return_distance=True)，它返回了最大范围内的最近邻距离。半径，但它不适用于周期性边界条件 (PBC)。我探索的另一种方法是scipy.spatial.cKDTree(positions, boxsize=box_size).query_pairs(r=maximum_distance)，它适用于 PBC，但不返回对之间的距离。

是否可以扩展sklearn.neighbors.KDTree，使其能够像scipy.spatial.cKDTree那样处理PBC？

或者

是否可以扩展 scipy.spatial.cKDTree 以返回对距离的能力？

【问题讨论】：

标签： python-3.x scikit-learn scipy nearest-neighbor kdtree

【解决方案1】：

答案是：

scipy.spatial.cKDTree().query()

【讨论】：