应用于数据帧列表的函数中的 write.table 覆盖输出

Question

我几乎完成了messy code 以将几种统计方法/测试应用于来自不同流域的 11 个数据帧，其中物理化学参数作为变量。我达到了目标，但我需要做到这一点。 因此，首先我创建了一个计算相关性的函数，并将结果保存为 .txt 表格和 .pdf 图像。 一次将函数运行到一个数据帧时效果很好（为此，您应该使用read.table 单独导入每个数据帧，下面的代码中没有写）。 因为我希望它能够正常工作，所以列出了 11 个数据帧并使用lapply 对每个数据帧运行该函数。它的工作原理是给我一个列表 (corr)，其中包含每个数据帧的相关结果。

问题来了：

1. 列表cor 与每个数据帧的相关结果看起来像是有值而不是数据帧，所以我不知道如何访问或保存它们（请参阅环境/数据窗口中的corr 列表）。好吧，直到这里，至少看起来相关结果在某处存在。
2. 第二个问题是，当我运行corr<-lapply(PQ_data, cor_PQ) 时，它有一行使用计算的原始数据帧的部分名称（例如PQ_data 是"AgIX_E_PQ" 所以cor_PQ(PQ_data[["AgIX_E_PQ"]] 的表和图应该分别得到名称“mCorAgIX_E_PQ.txt”和“CorAgIX_E_PQ.pdf”），我只得到一个输出（mCorX[[I]].txt 和 CorX[ [i]].pdf) 与最后一个数据帧相关结果。也就是说，每个数据帧相关结果的表格和图像都被覆盖到这个泛型 mCorX[[I]].txt、CorX[[i]].pdf 文件中。

现在我想必须定义“i”或其他东西来避免这种情况。我应该为PQ_data 定义cor_PQ 函数而不是X？

如果有人能看到我失败的地方，我将不胜感激任何帮助解决这个问题。

我的数据：PQ_data /将其保存在您的工作区中并用它修复setwd。 我的代码：

rm(list=ls(all=TRUE))
cat("\014")

setwd("C:/Users/Sol/Documents/ProyectoTítulo/CalidadAgua/Matrices/Regs") #my workspace

PQ_files<-list.files(path="C:/Users/Sol/Documents/ProyectoTítulo/CalidadAgua/Matrices/Regs",
                     pattern="\\_PQ.txt") #my list of 14 dataframes in my workspace.
PQ_data<-lapply(PQ_files, read.table) #read tables of the 14 dataframes in the list.
names(PQ_data)<-gsub("\\_PQ.txt","", PQ_files) #name the 14 dataframes with their original names.

#FUNCTION TO COMPUTE CORRELATIONS, SAVE TABLES AND PLOTS.
cor_PQ<-function(X) {
  corPQ<-cor(X, use="pairwise.complete.obs")
  outputname.txt<-paste0("mCor",deparse(substitute(X)),".txt")
  write.table(corPQ, file=outputname.txt)
  outputname.pdf<-paste0("Cor",deparse(substitute(X)),".pdf")
  pdf(outputname.pdf)
  plot(X)
  dev.off()
  return(corPQ)
}

corr<-lapply(PQ_data, cor_PQ)

之后，正如我所说，得到一个名为“corr”的列表，其中包含 11 个元素，其中包含来自列表 (PQ_data) 中每个数据帧的相关结果，但是当我将“corr”列表固定在我的环境/数据窗口（它们不显示蓝色 R 箭头来展开元素）。 ` 我只得到 2 个名为 mCorX[[I]].txt 和 CorX[[i]].pdf 的输出文件，仅显示最后一个数据帧相关结果，因为 write.table 和 .pdf 函数会覆盖前 10 次计算的结果。 再次，我将不胜感激任何帮助。我真的需要推动才能抓住这个想法。 谢谢！！！

Answer 1

lapply 不会将列表名称发送给函数。因此，尽管该功能适用​​于单个文件，但不适用于文件列表。此外，由于文件没有名称，所有生成的文件都被赋予相同的名称，因此所有新文件都会覆盖以前存在的文件，最后你得到的输出只有 1 个文件，这是列表中的最后一个元素。您可以使用下面的函数，我们将名称作为不同的参数发送，以将名称分配给文件。

cor_PQ<-function(X, Y) {
   corPQ<-cor(X, use="pairwise.complete.obs")
   outputname.txt<-paste0("mCor",Y,".txt")
   write.table(corPQ, file= outputname.txt)
   outputname.pdf<-paste0("Cor",Y,".pdf")
   pdf(outputname.pdf)
   plot(X)
   dev.off()
   return(corPQ)
}

现在使用Map 应用相同的功能。

Map(cor_PQ, PQ_data, names(PQ_data))

我们也可以使用purrr中的imap来应用这个功能。

purrr::imap(PQ_data, cor_PQ)