使用networkX输出树形结构答案

【问题标题】：Using networkX to output a tree structure使用networkX输出树形结构
【发布时间】：2018-07-01 00:33:33
【问题描述】：

我正在使用networkX生成树结构如下（我在关注answer of this question）。

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")
for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
nx.write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos=nx.graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False)
plt.savefig('nx_test.png')

我想画一棵树，如下图。

但是，我收到一条错误消息，提示 AttributeError: module 'networkx' has no attribute 'write_dot'。我的 networkx 版本是 1.11（使用 conda）。我尝试了不同的hacks，但都没有奏效。

所以，我很想知道是否有另一种使用 networkx 绘制树结构的方法来获得类似于图中提到的输出。请告诉我。

【问题讨论】：

标签： python networkx graphviz pygraphviz

【解决方案1】：

我认为这个问题在 networkx 2.x 上已经解决了，但在此之前你应该像这样显式导入函数。

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot

或

from networkx.drawing.nx_pydot import write_dot

我希望这行得通。

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以使用pygraphviz 完全绘制有向图。

需要首先遵循以下步骤，因为没有graphviz（截至目前），pygraphviz 不起作用。

从http://www.graphviz.org/Download_windows.php下载graphviz-2.38.msi并安装
从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz 下载 2.7 或 3.4 pygraphviz 轮文件
导航到您下载滚轮文件的目录并运行您的平台特定滚轮 pip install pygraphviz‑1.3.1‑cp34‑none‑win32.whl
将dot.exe 添加到主机路径例如在windows控制面板->系统->编辑环境变量->修改PATH

之后dot 和png 文件可以如下创建。

工作代码

import pygraphviz as pgv

G=pgv.AGraph(directed=True)

#Attributes can be added when adding nodes or edge
G.add_node("ROOT", color='red')
for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i, color='blue')
    G.add_node("Grandchild_%i" % i, color='blue')
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i, color='blue')

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i, color='blue')
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i, color='blue')
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i, color='blue')

# write to a dot file
G.write('test.dot')

#create a png file
G.layout(prog='dot') # use dot
G.draw('file.png')

PNG 文件

【讨论】：