Matlab中的聚类

【问题标题】：Clustering in MatlabMatlab中的聚类
【发布时间】：2014-09-16 21:54:57
【问题描述】：

您好，我正在尝试使用链接（）进行集群。这是我正在尝试的代码..

 Y = pdist(data);
 Z = linkage(Y);
 T = cluster(Z,'maxclust',4096);

我收到如下错误

The number of elements exceeds the maximum allowed size in
MATLAB.
Error in ==> linkage at 135
    Z = linkagemex(Y,method);

数据大小为 56710*128。如何将代码应用于小块数据，然后以最佳方式合并这些集群？或任何其他解决问题的方法。

【问题讨论】：

标签： matlab merge cluster-computing cluster-analysis linkage

【解决方案1】：

Matlab 可能无法使用该算法对这么多对象进行聚类。

他们很可能在实现中使用了距离矩阵。 56710 个对象的成对距离矩阵需要 56710*56709/2=1,607,983,695 个条目，或大约 12 GB 的 RAM；很可能还需要一份工作副本。很有可能默认的 Matlab 数据结构并没有准备好处理这么多的数据（而且您也不想等待算法完成；可能这就是它们“只允许”一定数量的原因）。

尝试使用子集，看看它的扩展性如何。如果您使用 1000 个实例，它是否有效？计算需要多长时间？如果增加到2000，需要多长时间？

【讨论】：

如果您改变数据集大小，运行时和内存使用量如何扩展？每次达到 56k 是否现实？因为众所周知，层次聚类的扩展性很差。