dicom header 个人信息转换为.txt文件

Question

我有一系列想要匿名的 DICOM 图像，我发现很少有 Matlab 代码和一些可以完成这项工作的程序，但它们都没有导出已删除个人信息的 .txt 文件。我想知道是否有一个功能可以将已删除的 DICOM 图像的个人信息保存为 .txt 格式以供功能使用。另外，我正在尝试创建一个表格，显示与其真实姓名相对应的新图像 ID。（主题真实姓名 = 删除个人信息的图像 ID）

有什么想法吗？

感谢您考虑我的要求！

Answer 1

我猜您只想将由anonymization（修改、删除或添加）更改的字段输出到您的文本文件。首先，您可能需要修改一些 dicomanon 选项以减少更改次数，尤其是传递参数 'WritePrivate', true 以确保保留私有扩展。

首先，您可以使用dicominfo 执行匿名化，保存匿名化前后元数据的结构：

preAnonData = dicominfo('input_file.dcm');
dicomanon('input_file.dcm', 'output_file.dcm', 'WritePrivate', true);
postAnonData = dicominfo('output_file.dcm');

然后可以使用fieldnames和setdiff查找被匿名化删除或添加的字段，分别添加到匿名化后或匿名化前的数据中，以nan值作为位置持有人：

preFields = fieldnames(preAnonData);
postFields = fieldnames(postAnonData);

removedFields = setdiff(preFields, postFields);
for iField = 1:numel(removedFields)
  postAnonData.(removedFields{iField}) = nan;
end

addedFields = setdiff(postFields, preFields);
for iField = 1:numel(addedFields)
  preAnonData.(addedFields{iField}) = nan;
end

使用orderfields 也很有帮助，这样两个数据结构的字段名称顺序相同：

postAnonData = orderfields(postAnonData, preAnonData);

最后，现在每个结构都具有相同顺序的相同字段，我们可以使用struct2cell 将其字段数据转换为元胞数组，并使用cellfun 和isequal 查找已被修改的任何字段匿名化：

allFields = fieldnames(preAnonData);
preAnonCell = struct2cell(preAnonData);
postAnonCell = struct2cell(postAnonData);
index = ~cellfun(@isequal, preAnonCell, postAnonCell);
modFields = allFields(index);

现在您可以创建一个 table 的更改，如下所示：

T = table(modFields, preAnonCell(index), postAnonCell(index), ...
          'VariableNames', {'Field', 'PreAnon', 'PostAnon'});

您可以使用writetable 轻松将表格数据输出到文本文件：

writetable(T, 'anonymized_data.txt');

但是请注意，如果表中的任何字段包含数据的向量或结构，则输出文件的格式可能看起来有点古怪（即很多列，其中大部分是空的，除了那几个字段)。

Answer 2

做到这一点的一种方法是在匿名化之前和之后存储标签，并使用它们来编写您的文本文件。在 Matlab 中，dicominfo() 会将标签读入结构中：

% Get tags before anonymization
tags_before = dicominfo(file_in);

% Anoymize
dicomanon(file_in, file_out); % Need to set tags values where required

% Get tags after anonymization
tags_after = dicominfo(file_out);

% Do something with the two structures
disp(['Patient ID:', tags_before.PatientID ' -> ' tags_after.PatientID]);
disp(['Date of Birth:', tags_before.PatientBirthDate ' -> ' tags_after.PatientBirthDate]);
disp(['Family Name:', tags_before.PatientName.FamilyName ' -> ' tags_after.PatientName.FamilyName]);

然后您可以将之前/之后的字段写入文本文件。您需要修改 dicomanon() 为已删除字段选择您自己的值，因为默认情况下它们设置为空。