【问题标题】:How can I read hdf5 files. and plot them as images如何读取 hdf5 文件。并将它们绘制为图像
【发布时间】:2021-11-10 13:46:48
【问题描述】:

我有这个 hdf5 格式的月球陨石坑数据集 https://zenodo.org/record/1133969/files/train_craters.hdf5?download=1 但我不知道如何阅读它们并查看此数据集中的图像

【问题讨论】:

    标签: python dataset hdf5


    【解决方案1】:

    HDF5 是组织成组和数据集(也称为数据模式)的任意数据的容器。为了有效地处理数据,您需要在开始编码之前了解架构。理想情况下,数据源提供模式。如果没有,您的第一步是推断模式。您可以通过打开文件并使用 HDFView(来自 HDF 组)查看来做到这一点,或者编写小代码 sn-ps,如链接答案所示。

    我查看了您的文件。你说你想“看图像”。你不能用这些数据做到这一点。我在这里阅读了文件描述:DeepMoon Supplemental Materials。有 6 个感兴趣的文件:

    • 名称_craters.hdf5 - Pandas HDFStore 数据集中图像的火山口位置和大小。
    • name_images.hdf5 - 输入 DEM 图像和数据集的输出目标,其中:
      • name = dev 用于验证数据集
      • name = test 用于测试数据集
      • name = train 用于训练数据集

    因此,如果您想要训练图像数据,您需要下载train_images.hdf5 文件。警告:它是 9.9 GB。

    关于train_craters.hdf5 文件的评论:
    该文件由 Pandas 创建。该文件有 30_000 个组,每个图像 1 个组(命名为“img_xxxxx”)。每个组有 4 个数据集,分别命名为:“axis_0”、“axis_1”、“block0_items”和“block0_values”。他们有关于每张图像的数据,但没有任何图像数据。例如,“axis_0”和“block0_items”都有以下条目:

    Diameter (km)
    Lat
    Long
    x
    y
    Diameter (pix)
    

    “block0_values”中有数据。这是“img_00000/block0_values”的一个例子:

    [[ 5.32341731 -35.10135397 -101.80962272 161.77188631 252.6564721 10.87213217]  
     [ 5.38713978 -34.86402264 -102.38375512 132.62561605 237.8560143 11.00227398]]
    

    从这里你得到:

    Diameter (km)[0] = 5.32341731
    Lat[0] = -35.10135397
    Long[0] = -101.80962272
    x[0] = 161.77188631
    y[0] = 252.6564721
    Diameter (pix)[0] = 10.87213217
    
    Diameter (km)[1] = 5.38713978
    Lat[1] = -34.86402264
    Long[1] = -102.38375512
    x[1] = 132.62561605
    y[1] = 237.8560143
    Diameter (pix)[1] = 11.00227398
    

    所以,这提供了关于每张图像的一些基本信息……但不是可以转换为图像的像素值数组。

    【讨论】:

      【解决方案2】:

      对于 Reading a HDF5 file 部分,我认为这是一个重复的问题,来自这篇文章:How to read HDF5 files in Python

      对于情节部分,我建议你查看 matplotlib pyplot 文档并深入了解它是如何工作的

      文档:https://matplotlib.org/stable/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.html

      教程:https://matplotlib.org/stable/tutorials/introductory/pyplot.html

      【讨论】:

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