R hdf5 数据集写错了？答案

【问题标题】：R hdf5 dataset written incorrectly?R hdf5 数据集写错了？
【发布时间】：2013-08-23 23:08:21
【问题描述】：

当我执行以下操作时，我的“预测器”数据集被正确填充：

library(rhdf5)
library(forecast)
library(sltl)
library(tseries)

fid <- H5Fcreate(output_file)
## TODO: compute the order p
p <- 4
# write predictors
h5createDataset(output_file, dataset="predictors", c(p, length(tsstl.remainder) - (p - 1)), storage.mode='double')
predictors <- as.matrix(tsstl.remainder)
for (i in 1:(p - 1)) {    
    predictors <- as.matrix(cbind(predictors, Lag(as.matrix(tsstl.remainder), i)))
}
predictors <- as.matrix(predictors[-1:-(p-1),])
head(predictors)
h5write(predictors, output_file, name="predictors")
H5Fclose(fid)

head(predictors) 的生成（正确）输出是：

            [,1]        [,2]        [,3]       [,4]
[1,]   0.3089645   6.7722063   5.1895389  5.2323261
[2,]   8.7607228   0.3089645   6.7722063  5.1895389
[3,]  -0.9411553   8.7607228   0.3089645  6.7722063
[4,] -14.1390243  -0.9411553   8.7607228  0.3089645
[5,] -26.6605296 -14.1390243  -0.9411553  8.7607228
[6,]  -8.1293076 -26.6605296 -14.1390243 -0.9411553

但是，当我阅读它时，结果不正确：

tsmatrix <- t(as.matrix(h5read(output_file, "predictors")))
head(tsmatrix)

错误输出：

            [,1]      [,2]       [,3]      [,4]
[1,]   0.3089645  8.760723 -0.9411553 -14.13902
[2,] -26.6605296 -8.129308 -9.8687675  31.52086
[3,]  54.2703126 43.902489 31.8164836  43.87957
[4,]  22.1260636 36.733055 54.7064107  56.35158
[5,]  36.3919851 25.193068 48.2244464  57.12196
[6,]  48.0585673 72.402673 68.3265518  80.18960

为什么我写的和我得到的不对应？我仔细检查了 hdfview HDF5 查看器也显示了“预测器”数据集的这个错误值。

这里有什么问题？

【问题讨论】：

请提及您正在使用的所有软件包
试试不带t?
提供的库，其中 t 与我在 hdfview 中得到的输出完全相同，这很奇怪。
您要转置吗？ t 用于转置
我知道t 用于转置，我想看看我在 hdfview 中看到的输出，这样做的方法是采取转置t(...) 我知道这听起来很疯狂但是这个正是问题所在：我写了一些东西，然后把完全不同的东西写进了文件中。

标签： r hdf5

【解决方案1】：

来自rhdf5 docs：

请注意，数组在打开时显示为转置矩阵使用 C 程序（h5dump 或 HDFView）。这是由于以下事实 C 上变化最快的维度是最后一个，但在 R 上是第一个（如在 Fortran 中）。

【讨论】：